В марте 1947 года была основана авиакомпания Air Madagascar[8].
После того, как в 1960 году Мадагаскар получил независимость от Франции, в апреле 1961 года авиакомпания смениила название на Madair, но уже в октябре 1962 года вернулась к старому названию[8].
В 1996 году авиакомпания начала полёты на самолётах ATR[4].
В феврале 2015 года Air Seychelles подписала кодшеринговое соглашение с Air Madagascar[9].
В том же 2015 году Air Madagascar подписала контракт на покупку трех ATR 72-600 у производителя[4].
В конце 2017 года Air Austral приобрела 49% авиакомпании Air Madagascar, с целью восстановления и развития национальной авиакомпании Мадагаскара[10].
В октябре 2019 года авиакомпания планировала заказать три самолёта Airbus A220[2].