Начал заниматься футболом с шести лет. Воспитанник футбольной школы клуба «Прьевидза», в котором играл на позициях защитника и опорного полузащитника. Позднее играл за «Тренчин», откуда в 2004 году перебрался в петербургский «Зенит».
31 июля 2004 года Шкртел дебютировал в «Зените» в матче на Кубок России против омского «Иртыша» (2:0). Шкртел сказал, что присутствие словацких и чешских игроков помогло ему адаптироваться в своей новой команде. Он провёл в клубе 4 сезона. Всего в официальных встречах провёл 113 матчей, забил 5 голов (из них в Премьер-лиге — 74 матча, 3 гола). В составе «Зенита» в 2007 году стал чемпионом России.
11 января 2008 года Шкртел перешёл в английский «Ливерпуль». Во время переговоров «Ливерпуля» и «Зенита» на Мартина произвёл сильное впечатление главный тренер «Ливерпуля» Рафаэль Бенитес, что впоследствии он назовёт решающей причиной выбора именно этого клуба[4]. Предполагаемая сумма трансфера составила 6,5 миллионов фунтов. Рафаэль Бенитес на пресс-конференции, посвящённой подписанию Шкртела, его главными качествами назвал «настойчивость, скорость и хорошую игру в воздухе» и сравнил Мартина с вице-капитаном «Красных», легендарным защитником Джейми Каррагером[5][6].
В новой команде Шкртел получил номер 37, который до него носили Яри Литманен и Зак Уитбред. Его полноценный дебют состоялся 26 января 2008 года в матче против любительского клуба «Хавант-энд-Уотерлувилл» в рамках четвёртого раунда Кубка Англии. Мартин практически сразу завоевал место в основном составе, за первые три месяца в команде сыграв, в частности, в важнейших играх против «Челси», «Манчестер Юнайтед», «Эвертона» и «Арсенала». По итогам своего первого мерсисайдского дерби Шкртел был признан болельщиками «Ливерпуля» лучшим игроком матча.
Шкртел блестяще начал сезон 2008/09, выйдя в старте во всех матчах Премьер-лиги, кроме одного, и вытеснил из основы Даниэля Аггера. Вместе с партнёром по обороне Джейми Каррагером он продемонстрировал ряд сильных матчей против многих ведущих команд, особенно против «Манчестер Юнайтед», «Эвертона» и «Марселя» в Лиге чемпионов. 5 октября 2008 года Шкртел получил серьёзную травму колена из-за неловкого падения, когда бросил вызов Чеду Эвансу в конце матча против «Манчестер Сити» который «Ливерпуль» выиграл 3:2. Позже было подтверждено, что защитник порвал заднюю крестообразную связку правого колена, но хирургического вмешательства не потребовал, и ожидалось, что он вернется до «Рождества»[7]. 28 декабря 2008 года он вернулся после травмы и вышел на замену в игре «Ливерпуля» с «Ньюкаслом» (5:1)[8]. Он регулярно играл за «Ливерпуль» во второй половине сезона, а команда заняла второе место в Премьер-лиге с 86 очками[9].
21 ноября 2009 года Шкртел забил свой первый гол за «Ливерпуль» в ворота «Манчестер Сити»[10]. 26 февраля 2010 года он сломал плюсневую кость правой стопы во время матча Лиги Европы УЕФА против «Унири»[11]. 18 августа 2010 года он продлил контракт с «Ливерпулем» до 2014 года[12].
В сезоне 2010/11 Шкртел играл каждую минуту каждого матча Премьер-лиги[13]. 28 ноября 2010 года, в матче против «Тоттенхэма» на Уайт Харт Лейн, он забил свой второй гол в карьере за «Ливерпуль» и первый автогол в Премьер-лиге, а «Ливерпуль» проиграл 1:2. В свой 26-й день рождения он был капитаном «Ливерпуля» в матче Лиги Европы против «Утрехта». 2 апреля 2011 года он забил головой в ворота «Вест Бромвич Альбион». В мае 2011 года Шкртел заявил, что, по его мнению, сезон 2010/11 был для клуба лучшим на сегодняшний день[14].
Шкртел в составе «Ливерпуля» в 2011 году
27 августа 2011 года он забил головой в ворота «Болтона» в своём первом матче в чемпионате, играя на позиции правого защитника[15]. 18 сентября 2011 года он был удалён с поля в выездном матче против «Тоттенхэма», а «Ливерпуль» крупно проиграл 0:4[16]. 18 декабря 2011 года забил второй гол «Ливерпуля» в выездном матче лиги в ворота «Астон Виллы». Первый гол Шкртела в 2012 году пришёлся на матч пятого раунда Кубка Англии против «Брайтон энд Хоув Альбион», открыв счёт в течение пяти минут после начала матча. 26 февраля 2012 года он забил гол в ворота «Кардифф Сити» в финале Кубка Футбольной лиги 2012 года. «Ливерпуль» выиграл 3:2 по пенальти после того, как матч закончился ничьей 2:2, а Шкртел выиграл свой первый трофей в Англии. 10 апреля 2012 года Шкртел впервые стал капитаном «Ливерпуля» в Премьер-лиге, приведя свой клуб к победе над «Блэкберн Роверс» и сыграл ключевую роль в первом голе с передачей на Крейга Беллами. 5 мая 2012 года он сыграл в финале Кубка Англии против «Челси», где «Ливерпуль» уступил 1:2. В мае 2012 года Шкртела признали «Игроком сезона в Ливерпуле»[17].
После того, как Кенни Далглиш покинул с «Ливерпуль», ему на смену пришёл тренер «Суонси Сити» Брендан Роджерс. 20 августа 2012 года Шкртел объявил, что связывает своё будущее с «Ливерпулем», подписав новый контракт[18]. 26 августа 2012 года он забил первый гол клуба в новом сезоне в ворота «Манчестер Сити»[19]. В январе 2013 года Шкртела исключили из команды после неудачного матча в Кубке Англии против «Олдхэм Атлетик»[20]. После этого, во второй половине сезона он сыграл всего четыре матча в Премьер-лиге[21]. Шкртел назвал сезон 2012/13 «одним из худших сезонов в своей карьере и, безусловно, худшим за время своего пребывания в Ливерпуле»[22].
В августе 2013 года сообщалось, что «Ливерпуль» отклонил предложение «Наполи» в размере 10 миллионов фунтов стерлингов по Шкртелу[23]. 8 февраля 2014 года Шкртел сделал дубль в ворота «Арсенала» за первые десять минут матча, что помогло «Ливерпулю» одержать победу со счетом 5:1[24]. По итогам сезона 2013/14 установил антирекорд АПЛ — на его счету оказалось 4 автогола[25].
Шкртел в составе «Ливерпуля» в 2015 году
4 ноября 2014 года Шкртел был капитаном «Ливерпуля» в матче Лиги чемпионов против «Реала», когда капитан Стивен Джеррард и вице-капитан Джордан Хендерсон были на скамейке запасных, в итоге «Ливерпуль» проиграл 0:1[26]. После неудачного начала сезона Брендан Роджерс в октябре переключился на трёх защитников, при этом Шкртел сыграл важнейшую роль. Его темп, атлетизм и игра в мяч были ключевыми в этом построении[27]. 27 января 2015 года в полуфинальном матче с «Челси» в Кубке лиги Шкртелу нанёс удар нападающий «лондонцев» Диего Коста. Судья матча Майкл Оливер не наказал футболиста за инцидент, но позже Коста был дисквалифицирован на три матча Футбольной ассоциацией[28]. 8 марта 2015 года в матче шестого раунда Кубка Англии против «Блэкберн Роверс» Шкртел был заменён и срочно был доставлен в больницу после столкновения с Рюди Жестедом[29]. Позже Шкртел был дисквалифицирован Футбольной ассоциацией на три матча за агрессивное поведение на вратаре «Манчестер Юнайтед» Давиде де Хеа. Он безуспешно подал апелляцию, заявив, что это было непреднамеренно[30].
10 июля 2015 года Шкртел подписал новый контракт с «Ливерпулем»[31]. 23 сентября 2015 года он сыграл свой 300-й матч за «Ливерпуль» матче Кубка лиги против «Карлайл Юнайтед»[32]. 6 декабря 2015 года Шкртел присоединился к своему бывшему партнёру по защите Джейми Каррагеру и занял второе место в списке автоголов Премьер-лиги за все время, забив в свои ворота в матче против «Ньюкасл Юнайтед»[33]. 20 декабря 2015 года у Шкртела был разрыв подколенного сухожилия, из-за которого он не играл в течение шести недель[34].
В августе 2019 года покинул «Фенербахче» и на правах свободного агента присоединился к «Аталанте»[37].
2 сентября 2019 года стало известно о том, что Шкртел и итальянский клуб расторгли соглашение. Таким образом, словацкий футболист вновь стал свободным агентом после трёх недель пребывания в итальянском клубе[38]. 17 сентября 2019 года президент клуба Антонио Перкасси заявил в интервью, что жена Шкртела, Барбора, могла быть одной из причин его ухода. Перкасси заявил, что она не очень хотела переезжать в Бергамо.
В тот же день он вернулся в Турцию, подписав контракт с клубом «Истанбул Башакшехир». Через год вернулся в Словакию в клуб «Спартак Трнава», где и завершил карьеру в мае 2022 года[39].
13 октября 2018 года он сыграл свой 100-й матч в национальной сборной, став третьим игроком в истории Словакии, преодолевшем этот рубеж.
22 февраля 2019 года Шкртел объявил о своём уходе из международного футбола в возрасте 34 лет вместе с другим защитником сборной Томашом Губочаном и нападающим Адамом Немцем[40].
Шкртел является третьим игроком в истории Словакии по количеству сыгранных матчей.
↑Liverpool 1–1 Carlisle (неопр.). BBC Sport (British Broadcasting Corporation) (23 сентября 2015). Дата обращения: 26 сентября 2015. Архивировано 26 сентября 2015 года.
