Время его основания неизвестно с точностью, так как не сохранилось об этом никаких ни письменных, ни устных известий.
В 1687 году епископ Архангельский Афанасий (Любимов) перенёс этот монастырь за 5 вёрст от города в посад Курцово. Здесь монастырь несколько раз горел и вновь восстановлялся. В 1786 году по Высочайшему повелению монастырь был сначала упразднён, а в 1798 году вновь восстановлен и переведён в Холмогоры в бывший архиерейский дом.
Этот архиерейский дом в историческом отношении замечателен тем, что в нём долгое время жил и умер герцог Брауншвейгский Антон Ульрих, сосланный сюда с женой бывшей регентшей Анной Леопольдовной и детьми в 1744 году в царствование императрицы Елизаветы Петровны. Здесь у него родились ещё дети.
К началу XX века являлся одним из крупнейших монастырей епархии. Закрыт и осквернён в 1920 году: занят под тюрьму, потом передан под совхоз. Согласно свидетельству очевидцев, в Холмогорском лагере были расстреляны тысячи заключённых[1]. Большая часть построек сохранилась, занята жильём, племзаводом и др.
С августа 2017 года на базе прихода открыто архиерейское подворьеСпасо-Преображенского собора села Холмогоры, в состав которого вошли Спасо-Преображенский собор, храм Двенадцати апостолов, храм во имя Святого Духа и в честь святителя Николая Мирликийского Чудотворца, а также территория бывшего Успенского женского монастыря[2].