С 1943 года исполнял обязанности председателя ревизионной комиссии Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана в Ташкенте, на эту должность его пригласил ташкентский муфтий Ишан Бабахан (1858–1957).
После смерти муфтия Габдрахмана Зайнуллович Расулева 6 июля 1950 года обязанности руководителя Духовного управления мусульман европейской части СССР и Сибири с июля 1950 по март 1951 года исполнял казый Баймухамед Вильданович Тугузбаев. Одновременно шла работа по подбору кандидатуры на должность муфтия ДУМЕС. 21 марта 1951 года в Уфе открылся съезд представителей мусульманского духовенства Европейской части СССР и Сибири, на котором присутствовало 70 человек. На этом съезде новым муфтием ДУМЕС единогласно был избран казый Шакир-хазрат ибн Шейхислам Хиялетдинов, который прибыл на съезд в качестве гостя от ташкентского муфтията[2].
К 1952 году ДУМЕС объединяло 129 зарегистрированных мечетей, в том числе 16 в Татарской АССР, 23 — в Башкирской АССР, 20 — в Куйбышевской области, 15 — в Пензенской области, 13 — в Ульяновской области. Под юрисдикцией ДУМЕС тогда находились и три татарские мечети за пределами РСФСР — две в Белорусской ССР и одна в Литовской ССР.
Деятельность Хиялетдинова на посту главы ДУМЕС была полностью подконтрольна советским властям. Хиялетдинов должен был[3]:
Два раза в месяц бывать с отчётами о деятельности своего Управления у Уполномоченного Совета по делам религиозных культов;
Спрашивать у Уполномоченного разрешение на все назначения в Управлении;
Получать разрешение на любой свой выезд за пределы Уфы.
С 1955 года, начиная со Всемирной ассамблеи миролюбивых сил в Хельсинки, муфтий Ш. Хияледтинов неоднократно присутствовал на мероприятиях, посвященных борьбе за мир, диалогу между религиями.
При Хиялетдинове 7 марта 1960 года была издана фетва «о прекращении паломничества к так называемым святым местам».
18 июня 1961 года Духовное управление мусульман Европейской части СССР и Сибири выпустило фетву против «бродячих мулл»[4]. В ней сообщалось следующее[5]:
Чтобы пятничный намаз был признан Аллахом, он должен совершаться в специальных молитвенных помещениях и имамами, назначенными Духовным Управлением мусульман. Исполненные пятничные намазы под открытым небом и муллами-самозванцами не принимаются Аллахом
В этой же фетве казыи и мухтасибы крупнейших регионов, подписавшие фетву, выступают против «такбира» (громкого прославления Аллаха) по пути следования верующих и обязательного жертвоприношения животных в дни Курбан-байрама[6].
Модернистское отношение Ш. Хиялетдинова к ряду традиционных обрядов отражает его джадидский дореволюционный опыт[7].
