«Башкирская энциклопедия» — государственное автономное учреждение науки Республики Башкортостан, входит в структуру Академии наук Республики Башкортостан. Занимается организацией прикладных, научных и научно-изыскательских работ, подготовкой на их основе научных, научно-популярных и справочных изданий на бумажных и электронных носителях, и их распространением. Находится в Уфе.
В феврале 1993 года на основании Постановления Совета Министров РБ «О ходе подготовки к изданию Башкирской Энциклопедии» (от 19 января 1993 года) отдел был преобразован в Главную редакцию Башкирской энциклопедии Академии наук Республики Башкортостан. Были созданы первые отраслевые отделы: экономики и народного хозяйства; географии и геологии; культуры и искусства; литературы, фольклора и языкознания; математики, физики, техники; истории; философии, религии, государства и права; науки, образования и СМИ; биологии, химии, медицины; а также отделы научного и литературного контроля; производственно-технический.
В 1995 Указом Президента Республики БашкортостанМ. Г. Рахимова Главная редакция была преобразована в Научное издательство. С 2012 научно-издательский комплекс (в состав вошло издательство «Гилем»).
С 1993 руководитель Главной редакции (главный редактор) Башкирской энциклопедии — З. Г. Ураксин. В 1995—1998 гг. директор НИ «Башкирская энциклопедия» — Р. З. Шакуров, в январе-июле 1995 и с 1998 — У. Г. Саитов.
Главным проектом издательства на протяжении нескольких лет является многотомная Башкирская энциклопедия. Этот свод знаний о прошлом и настоящем Республики Башкортостан состоит из 7 томов и включает свыше 17 тыс. статей, треть из которых — биографические. В энциклопедии содержится информация о странах мира и субъектах Российской Федерации, с которыми Башкортостан имеет исторические, экономические и культурные связи; о районах и населённых пунктах Республики Башкортостан; о географических объектах (горах, реках, озёрах и др.); об отраслях экономики; о предприятиях, учреждениях, организациях; о важнейших исторических событиях; о народах республики. Приводятся подробные сведения о культуре и быте башкир. Освещаются вопросы образования, науки, литературы, искусства.
Почётная грамота Первого Всероссийского конкурса региональной и краеведческой литературы «Малая Родина» в номинации «Люди нашего края» (2005) за издание энциклопедии «Салават Юлаев».
Государственную премию Республики Башкортостан в области науки и техники в 2015 году получили: ген. дир. издательства У. Г. Саитов, зам ген дир. К. И. Аглиуллина, редактор издательства Л. И. Шарапова, член-корр. РАН М. А. Ильгамов и член-корр. Академии наук РБ Б. М. Миркин за создание многотомной Башкирской энциклопедии.
Издания
Выпущено свыше 60 изданий общим тиражом более 420 тыс. экземпляров, в том числе:
Башкортостан: Краткая энциклопедия. — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 1996. — 672 с.
Башкортостан: Краткая энциклопедия (на баш. яз.). — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 1997.
Зилаирский район: энциклопедия. — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 2000. — 152 с.
Хусаинов Г. Б. Ахметзаки Валиди Тоган (на баш. яз.). — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 2000. — 384 с.
Суфьянова Н. Ф., Ишмухаметов З. К. Орфографический словарь башкирского языка (на баш. яз.). — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 2002. — 352 с.
Русско-башкирско-турецко-английский словарь. — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 2002. — 304 с.
Хайретдинов С. С. Русско-башкирско-латинский словарь ботанических терминов. — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 2002. — 60 с.
Хисамитдинова Ф. Г. Башкирский язык для малышей (на баш. и рус. яз.). — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 2002. — 120 с.
Бикбулатов Н. В., Юсупов Р. М., Шитова С. Н., Фатыхова Ф. Ф. Башкиры: этническая история и традиционная культура. — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 2002. — 247 с.
Ямалетдинов М. Коран: поэтические переводы (на баш. яз.). — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 2002. — 160 с.
Салават Юлаев: энциклопедия. — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 2004. — 360 с.
Русско-башкирский словарь: в 2 томах/Под ред. З. Г. Ураксина. — Уфа: НИ Башкирская энциклопедия, 2005.