История оркестра восходит к Придворному музыкантскому хору, учреждённому в 1882 г. указом Александра III. Первоначально этот «хор» был предназначен, главным образом, для церемониальных нужд. В 1897 г. он был преобразован в Придворный оркестр и начал практиковать публичные выступления. В начале XX века это уже полноценный музыкальный коллектив, главным дирижёром которого в 1907-17 гг. был Г. И. Варлих. В качестве приглашённых дирижёров с оркестром выступали музыканты мирового масштаба, такие как Рихард Штраус и Артур Никиш.
В 1917-20 гг. оркестр, переименованный в Петроградский Государственный симфонический оркестр, возглавлял С. А. Кусевицкий (эмигрировал в 1920). В 1921 коллектив стал ядром созданной в городе филармонии[3].
После отъезда Малько за границу пост главного дирижёра занимали Александр Гаук и Фриц Штидри. В 1938 Штидри, не принявший советского гражданства, покинул СССР. Главным дирижёром был назначен Евгений Мравинский.
В годы войны оркестр был эвакуирован в Новосибирск, где за три года дал 538 концертов.
После войны оркестр впервые выехал на зарубежные гастроли в Финляндию в 1946 году, с 1955 регулярно гастролировал в Европе, Японии и США[4]. В 1971 г. коллектив выступил под управлением Геннадия Рождественского на «Променад-концертах» в Лондоне.
После смерти Евгения Мравинского в 1988 году главным дирижёром был избран Юрий Темирканов. Несмотря на тяжелую экономическую ситуацию в России в 1990-е годы, удалось сохранить коллектив и его место в мировой табели о рангах. В 2005 г. Заслуженный коллектив открывал сезон в Карнеги-холле. В 2006 оркестр включен в десятку лучших оркестров Европы[5], а в 2008 году самый авторитетный в Европе журнал о музыке Gramophone включил Санкт-Петербургский филармонический оркестр в двадцатку лучших оркестров мира.