В 1933 году был арестован по обвинению в антисоветской деятельности, но вскоре был освобождён без права проживания в Москве и Ленинграде. В 1930-х—1940-х годах жил в Средней Азии.
Попов М. Г. Основные черты истории развития флоры Средней Азии // Бюллетень Средне-Азиатского государственного университета. 1927. № 15. С. 239—292
Попов М. Г. Географо-морфологический метод систематики и гибридизационные процессы в природе // Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. 1927. Т. 17, вып. 1. С. 221—290
Попов М. Г. Род Cicer и его виды (опыт морфологической и географической монографии) // Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. 1929. Т. 21, вып. 1. С. 1-240.
Попов М. Г. Между Монголией и Ираном (основные ботанико-географические черты Синь-цзяня — самой западной провинции Китая, по данным собственных исследований 1929 года и сводки литературных сведений по этой стране) // Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. 1931. Т. 26, вып. 3. С. 45-84
Попов М. Г. Растительный покров Казахстана. — М.-Л.: Издательство АН СССР, 1940
Попов М. Г. Флора Средней Сибири. Т. 1. М.— Л.: Издательство АН СССР, 1957.
Попов М. Г. Избранные сочинения. — Ашхабад: Издательство АН Туркменской ССР, 1958
Попов М. Г. Основы флорогенетики. — М.: Издательство АН СССР, 1963
Попов М. Г. Растительный мир Сахалина. — М.: Наука, 1969
Попов М. Г. Особенности флоры Дальнего Востока сравнительно с европейской. — Ташкент: Фан, 1977
Попов М. Г. Филогения, флорогенетика, флорография, систематика. Избранные труды. — Киев: Наукова думка, 1983
