С началом войны убыл с полком на фронт. Воевал в Восточной Пруссии, в боях был трижды ранен и контужен. За боевые подвиги был награждён четырьмя Георгиевскими крестами и четырьмя Георгиевскими медалями, а также произведён в старшие унтер-офицеры. В конце 1915 года, будучи раненым, попал в плен и до 1918 года содержался в лагере военнопленных, последний год привлекался на крестьянские работы. Принимал участие в революционном движении в городе Гамбург. В 1918 году вернулся из плена в Россию (из г. Киль вначале был переправлен в Либаву, а оттуда переехал в г. Двинск)[2].
Гражданская война
В ноябре 1918 года вступил в Двинский красногвардейский отряд и был назначен в нём командиром взвода. С отходом немецких войск его направили в Петроград, где с декабря он на Варшавском пункте занимался формированием и сколачиванием красногвардейских отрядов. 15 февраля 1919 года перешёл в Красную армию и был зачислен курсантом и командиром взвода на 1-е советские Петроградские командные кавалерийские курсы. С этими курсами принимал участие в боях с белогвардейскими частями генерала Н. Н. Юденича под Лугой, Гдовом, Ямбургом и на ближних подступах к Петрограду. Командуя отрядом курсантов, в бою под Буграми (по Гатчинскому шоссе) при атаке на Талайский полк армии генерала Н. Н. Юденича попал в плен и был отправлен в Гатчинскую тюрьму (в контрразведку), затем переведён в Ямбург. В Ямбурге его приговорили к расстрелу, но он смог бежать. За рекой Нарев на эстонской территории присоединился к эстонской миссии, совершавшей эвакуацию из Ямбурга. Затем добровольно вступил в формируемый там конный отряд белогвардейцев (под видом возвращенного из Германии военнопленного), произведён в прапорщики. В этом отряде был инструктором строевой подготовки и командиром конного разъезда, в боях против Красной армии участия не принимал. Через 13 суток со своим конным разъездом присоединился к восставшим Лужскому и Гдовскому полкам. Панкратов руководил разгромом штаба и тыла корпуса белых, после чего через эстонские части перешёл с отрядом в Красную армию (через Чудское озеро). Сдав личный состав, убыл затем на свои Петроградские командные кавалерийские курсы. 1 апреля 1920 года окончил их, удостоен звания командира РККА и направлен на Южный фронт, где воевал в 136-м кавалерийском полку 21-й кавалерийской дивизии командиром взвода, эскадрона и врид командира полка. В составе 2-й Конной армии участвовал в боях с войсками генерала П. Н. Врангеля в Северной Таврии и на Перекопе, в борьбе с вооружёнными формированиями Н. И. Махно в Екатеринославской губернии. Член ВКП(б) с 1920 года. В марте 1921 года с дивизией был переброшен в Закавказье, где принимал участие в свержении буржуазного правительства Грузии и установлении советской власти. С мая 1921 года занимал должность начальника полковой школы 12-го кавалерийского полка 18-й кавалерийской дивизии[2].
Межвоенный период
В сентябре 1921 года направлен на учебу в Высшую кавалерийскую школу в Петрограде. После окончания проходил службу начальником строевого отдела сначала в Военной школе им. ВЦИК в Москве, затем с сентября 1923 года — на Объединённых кавалерийских КУКС в городе Таганрог. С октября 1924 года служил в 3-й отдельной кавалерийской территориальной бригаде и 11-й Северо-Кавказской кавалерийской дивизии СКВО командиром эскадрона 43-го кавалерийского полка, начальником полковой школы 69-го кавалерийского полка, помощником командира по строевой части и врид командира 90-го Тихорецкого кавалерийского полка, начальником полковой школы 67-го кавалерийского полка, помощником командира по хозяйственной части 68-го кавалерийского Краснокумского полка. В 1930 года окончил кавалерийские КУКС РККА в городе Новочеркасск и в ноябре назначен командиром 66-го кавалерийского Кавказского им. Грузинского ЦИК полка 2-й отдельной кавалерийской им. Закавказского ЦИК бригады ККА (с августа 1931 г. — командир и военком полка). В 1933 году окончил курсы механизации. 8 января 1934 года назначен командиром 2-го Туркменского горнокавалерийского полка (преобразован затем в 27-й). В 1936 году по результатам боевой подготовки полк занял 1-е место в дивизии и 2-е — в округе.
В марте 1938 года полковник Панкратов был арестован органами НКВД и обвинён по статье 54-1, 2 УК Таджикской ССР (аналог статьи "58-1б УК РСФСР); до марта 1940 года находился под следствием, однако уголовное дело было прекращено за недоказанностью обвинения (7 октября 2003 года полностью реабилитирован Военной прокуратурой МВО[3]). После освобождения назначен заместителем командира 18-й кавалерийской дивизии САВО. В июле 1940 года переведён в ЛВО на должность заместителя командира 54-й стрелковой дивизии (г. Кемь)[2].
Великая Отечественная война
В начале войны дивизия в составе 7-й армииСеверного фронта участвовала в приграничном сражении. С первых дней она вела тяжёлые оборонительные бои, прикрывая участок Кировской железной дороги в направлениях Ухта — Кемь, Реболы — ст. Кочкома. В июне — начале июля 1941 года по заданию штаба АВО на полковника Панкратова была возложена задача двумя полками прикрыть сосредоточение и подход войск к карело-финской границе в районе Ухта, Кострица, Реболы и не допустить развитие наступления противника в район Ухта, Андронова Гора. Все попытки нападения разведывательных групп противника в районе Войница были отражены, всего было уничтожено до двух его пехотных рот. В июле полковник Панкратов, командуя отдельной стрелковой бригадой особого назначения, прикрывал отход войск армии от старой границы в полосе Высоково, Медведь, Шимск, озеро Ильмень. В результате этих боёв был полностью разгромлен 24-й пехотный полк противника. В середине июля на Северо-Западном фронте, командуя бригадой и оставшимися частями 311-й стрелковой дивизии, он вёл бои по окружению противника под Старой Руссой и Сольцами. 16 июля в бою под Сольцами был тяжело ранен, но остался в строю. До конца июля бригада сдерживала наступавшего противника, обороняя рубеж по западному берегу озера Ильмень, Шимск, Медведь, Высоково, затем отходила на новгородском и чудовском направлениях. В рукопашном бою под м. Чудово полковник Панкратов вновь был ранен и лишь после этого эвакуирован в госпиталь. С ноября 1941 года формировал, затем командовал 134-й отдельной курсантской стрелковой бригадой в ПриВО. После завершения формирования убыл с ней на Брянский фронт[2].
Приказы (благодарности) Верховного Главнокомандующего в которых отмечен И. Н. Панкратов[6].
За овладение городом Новоград-Волынский — крупным железнодорожным узлом и важным опорным пунктом обороны немцев. 3 января 1944 года. № 54.
За форсирование реки Сан, прорыв обороны овладение городом и крепостью Перемышль и городом Ярослав — важными узлами коммуникаций и мощными опорными пунктами обороны немцев, прикрывающими пути на Краков. 28 июля 1944 года № 156
За овладение штурмом городом Сандомир — важным опорным пунктом обороны немцев на левом берегу Вислы. 18 августа 1944 года. № 167.
За овладение крупным административно-хозяйственным центром Польши городом Кельце — важным узлом коммуникаций и опорным пунктом обороны немцев. 15 января 1945 года. № 220.
За овладение городами немецкой Силезии Нейштедтель, Нейзальц, Фрейштадт, Шпроттау, Гольдберг, Яуэр, Штригау — крупными узлами коммуникаций и сильными опорными пунктами обороны немцев. 14 февраля 1945 года. № 278.