НевГен

НевГен или NevGen — один из мировых проектов предсказания гаплогрупп, разработанный под руководством Сербского ДНК-проекта и Общества сербских генеалогов «Порекло». Авторы — Ацо Невский (псевдоним) и Милош Цеткович-Гентула. Программа создана в мае 2014 года как настольное приложение для нужд сербских генеалогов, с конца 2015 года существует и онлайн-версия программы. НевГен использует фитнес-компьютер, а также байесовско-аллельно-частотный подход (англ. Bayesian-Allele-Frequency Approach) для предсказания того, какой гаплогруппе соответствует гаплотип Y-STR. Помимо этого, он использует взаимозависимость значений различных маркеров STR при вычислении вероятностей ветвления. Постоянный прогресс и многочисленные научные работы, в которых он применялся, делают его одним из наиболее известных в мире предсказателем гаплогруппы Y-ДНК.

Применение в науке

Используется в следующих научных работах (список может быть расширен):

• Dogan S., Babic N., Gurkan C., Goksu A., Marjanovic D., Hadziavdic V. Y-chromosomal haplogroup distribution in the Tuzla Canton of Bosnia and Herzegovina: A concordance study using four different in silico assignment algorithms based on Y-STR data (англ.) // Homo : journal. — 2016. — Vol. 67, no. 6. — P. 471—483. — doi:10.1016/j.jchb.2016.10.003.

• Szargut M., Ossowski A., Kuś M., Zielińska G., Rębacz-Maron E. Haplogroup prediction by different Y-STR-based tools in samples from United Republic of Tanzania (англ.) : journal. — 2016. — doi:10.13140/RG.2.2.25831.04003.

• Mustafin K. K., Alborova I. E., Semenov A. S., Vishnevsky V. P. Haplogroup Analysis for a Medieval Russian Burial оf 16th–17th Centures in Radonezh (Moscow Area) (англ.) // Studia Slavica et Balcanica Petropolitana : journal. — 2018. — Vol. 24, no. 2. — P. 169—180. — doi:10.21638/spbu19.2018.209.

• Diepenbroek M., Cytacka S., Szargut M., Arciszewska J., Zielińska G., Ossowski A. Analysis of male specific region of the human Y chromosome sheds light on historical events in Nazi occupied eastern Poland (англ.) // International journal of legal medicine : journal. — 2018. — P. 395—409. — doi:10.1007/s00414-018-1943-0.

• Poriswanish N., Neumann R., Wetton J. H., Wagstaff J., Larmuseau M. H., Jobling M. A., May, C. A. Recombination hotspots in an extended human pseudoautosomal domain predicted from double-strand break maps and characterized by sperm-based crossover analysis (англ.) // PLoS genetics^[англ.] : journal. — 2018. — Vol. 14, no. 10. — doi:10.1371/journal.pgen.1007680.

• Kačar T., Stamenković G., Blagojević J., Krtinić J., Mijović D., Marjanović D. Y chromosome genetic data defined by 23 short tandem repeats in a Serbian population on the Balkan Peninsula (англ.) // Annals of human biology : journal. — 2019. — Vol. 46, no. 1. — P. 77—83. — doi:10.1080/03014460.2019.1584242.

• Al-Snan N. R., Messaoudi S. A., Khubrani Y. M., Wetton J. H., Jobling M. A., Bakhiet M. Genetic variation at 27 y-strs in four regions of bahrain (англ.) // bioRxiv : journal. — 2019. — doi:10.1101/787341.

• Kiesler K. M., Andreaggi K. S., Ring J. D., Taylor C. R., Marshall C. K., Vallone P. M. Sequencing of full mitochondrial genomes for NIST population samples (неопр.) // Forensic Science International: Genetics Supplement Series^[англ.]. — 2019. — С. 452—453.

• López-Ramírez Y. L., Aguilar-Velázquez J. A., López-Armenta M., Ruiz-Hernández M., Rangel-Villalobos H. Paternal lineages and forensic parameters based on 23 Y-STRs (Powerplex® Y23) in Mestizo males from Mexico City (англ.) // International journal of legal medicine : journal. — 2019. — P. 199—202. — doi:10.1007/s00414-019-02183-1.

• Szargut M., Diepenbroek M., Zielińska G., Cytacka S., Arciszewska J., Jałowińska K., Ossowski A. Is MPS always the answer? Use of two PCR-based methods for Y-chromosomal haplotyping in highly and moderately degraded bone material (англ.) // Forensic Science International: Genetics^[англ.] : journal. — 2019. — P. 181—189. — doi:10.1016/j.fsigen.2019.07.016.

• Daniels-Higginbotham J., Gorden E. M., Farmer S. K., Spatola B., Damann F., Bellantoni N., Parson W. DNA Testing Reveals the Putative Identity of JB55, a 19th Century Vampire Buried in Griswold, Connecticut (англ.) // Genes : journal. — 2019. — P. 1—11. — doi:10.3390/genes10090636.

• Jannuzzi J., Ribeiro J., Alho C., Arão G., Cicarelli R., Corrêa H., Mota M. F. Male lineages in Brazilian populations and performance of haplogroup prediction tools (англ.) // Forensic Science International: Genetics^[англ.] : journal. — 2020. — Vol. 44. — doi:10.1016/j.fsigen.2019.102163.

• Fóthi E., Gonzalez A., Fehér T., et al. Genetic analysis of male Hungarian Conquerors: European and Asian paternal lineages of the conquering Hungarian tribes (англ.) // Archaeol Anthropol Sci : journal. — 2020. — Vol. 12, no. 31. — P. 77—83. — doi:10.1007/s12520-019-00996-0.

См. также

• Генеалогический ДНК-тест
• Общество сербских генеалогов «Порекло»

Ссылки

• Сербский ДНК проект
• Разноврсно генетско наслеђе  (серб.)