В период 1796—1812 годов при архиепископе Минском Иове (Потёмкине) Минская семинария была в соответствии с веяниями времени преобразована «сообразно прочим великороссийским семинариям». Преемник его на кафедре архиепископ Серафим (Глаголевский) продолжил дальнейшее устроение Минской духовной школы «с целью возвести её на высшую ступень совершенства».
Семинария значительно пострадала во время Отечественной войны 1812 года — хотя деревянные здания чудом уцелели, но многие книги были сожжены и расхищены. По изгнании французов духовная школа 20 февраля 1813 года возобновила свою деятельность.
В 1817 году при епископе Анатолии (Максимовиче) Минская семинария, состоявшая дотоле из восьми классов, была разделена на следующие три учебных заведения: приходское училище (объединило два начальных класса), уездное училище (низший и высший «грамматические» классы) и собственно семинария (с тремя отделениями — низшим, средним и высшим). Все они имели как общее управление, так и общие средства для содержания.
В 1945 году, после освобождения Белоруссии, архиепископ МинскийВасилий (Ратмиров) получил согласие советских властей на открытие в епархии пастырско-богословских курсов. Местом их существования был избран Жировицкий монастырь, а руководство поручено игумену Леонтию (Бондарю). В 1947 году курсы были преобразованы в семинарию.
В 1959 году, с началом хрущёвских гонений на Церковь, по различным поводам был ограничен прием абитуриентов в духовные школы. В 1963 году состоялся последний выпуск (5 студентов) и Минская семинария «угасла без официального закрытия».
Возобновлена 1 сентября 1989 года стараниями митрополита Минского и Белорусского Филарета (Вахромеева).
С 1990/1991 учебного года для священников, не имеющих систематического богословского образования, было открыто отделение заочного обучения.
Весной 1991 года семинария была переведена на пятилетний срок обучения с предоставлением ей статуса высшего учебного заведения. В дальнейшем по такому пути пошли и другие семинарии Русской Церкви.
Морозько Е. В. Организация учебного процесса в Минской духовной семинарии (вторая половина XIX в.) // Веснік Віцебскага дзяржаўнага універсітэта. 2009. — № 4 (54). — С. 13-17.
Иоасаф (Морза), архим. История второго возрождения и современной жизни Минской духовной семинарии // Минские Епархиальные ведомости / отв. ред. А. С. Трошкина. — 27/12/2009. — № 3-4. — С. 76-78.
Акимов В. В. Богословское образование в Белорусской Православной Церкви в 1988—2013 гг. // Крещение Руси в судьбах Беларуси, России и Украины: выбор цивилизационного пути. — Минск: 2013. — С. 261—264.
Андрей (Василюк), иером. История Минской духовной семинарии периода первого возрождения в послевоенные годы (1947—1964 гг.) в документах архива МинДС // ΧΡΟΝΟΣ. Церковно-исторический альманах. — 2015. — № 2. — С. 97-135.
Примечания: 1богословское учебное заведение; 2 Русская православная семинария во Франции; 3 в Российской империи имели статус средних учебных заведений; 4 ныне составляет единое целое с Киевской духовной академией; 5 сохраняет историческое название «академия»; 6 ныне действует в составе Грузинской православной церкви