В 1796 году был назначен волынским, а в 1798 году — малороссийским губернатором.
В 1799 году за употребление в донесениях несвойственных в российском языке слов был уволен императором Павлом, но в 1801 году назначен был вновь начальствовать Новороссийским краем.
В 1806 и 1807 годах Миклашевский принял начальство над екатеринославской дружиной; не требуя себе жалованья и умеренно расходуя казённые деньги, он держал земскую армию наготове в течение более года. Сторонник автономии Малороссии, для отражения нашествия Наполеона предлагал воссоздать казацкие полки.
Назначенный сенатором, он в 1814 году очень строго ревизовал Новгородскую губернию, нажил себе неприятности и в 1818 году вышел в отставку.
Последние 30 лет жизни Миклашевский провёл вдали от дел, занимаясь сельским хозяйством и совершенствованием своей суконной фабрики в Черниговской губернии. В многосторонней своей деятельности он постоянно проводил свои взгляды о необходимости упорядочения положения бедных и низших классов; в этих целях он написал ряд проектов о новгородских казённых крестьянах, о беглых и т. п.
Из усадьбы Миклашевского в Понуровке (ныне Стародубского района) происходят многие списки «Истории русов». В оставшихся бумагах его сохранились ценные письма к нему Потёмкина, Суворова, Румянцева, князя Безбородко и многих других.
С 25 октября 1797 года был женат на Анастасии Яковлевне Бакуринской (1783—1865), в браке с которой имел девять детей:
Александр (1796—1831), декабрист, член тайного общества офицеров Измайловского полка (февраль — апрель 1821) и, возможно, Северного общества (1821). Участник русско-персидской и русско-турецкой войн 1827—1829 годов, за штурм Карса произведён в полковники (16.11.1828); погиб при штурме крепости Агач-Кале[6][7].
Надежда (1816?—1876), её супруг — черниговский помещик, коллежский советникМихаил Иосифович Судиенко (1803—1874)[9]. По отзыву современника, в молодости слыла красавицей, да и в возрасте <…>, высокая, стройная, добрая и симпатичная женщина. Имела многочисленное потомство, для воспитания которого жила с мужем в Киеве[10]. Их сын Иосиф, владимирский губернатор.
![герб Миклашевских, изм. герба Остоя, зафиксированно в „Общем гербовнике дворянских родов Российской империи“, учреждён указом императора Павла I от 31 января 1797.[1]](%D0%A4%D0%B0%D0%B9%D0%BB:Ostoja_Coat_of_Arms_of_the_noble_family_Miklashevsky_(in_the_Russian_Empire).svg)
