Законом от 6 октября 1732 года при церкви, «где и место имеется свободное и сухое», было велено погребать тела скончавшихся горожан[1]. Кладбище существовало более 30 лет[2], и было упразднено около 1768 года[3].
По преданию, в XVIII веке среди прихожан церкви была Ксения Петербургская. В наши дни появилась не имеющая никаких документальных подтверждений легенда, что в церкви Святого Матфия её венчали и отпевали[4][5].
Позже деревянная Покровская церковь была разобрана и возведена каменная, а в 1806 году по повелению Александра I разобран вконец обветшавший Матфиевский храм, а на его месте начато сооружение каменного по проекту архитектора Лаврентия Миллер). В течение XIX века Матфиевская церковь ещё не раз перестраивалась и расширялась. При этом в ней неизменно хранился иконостас первой деревянной Петропавловской церкви.
Настоятель храма протоиерей Николай Сперанский (старший брат епископа Иоанникия) осенью 1918 года пал жертвой «красного террора». Его преемник, протоиерей Иоанн Альбинский, присоединился к обновленческому расколу и в июне 1922 года стал вторым архиереем обновленческого поставления и первым, поставленным без пострига в монашество.
В 1923 году храм получил статус собора, а в 1932 году был закрыт и взорван по постановлению Леноблисполкома[6]. Обломки были сгруппированы в центре и засыпаны, в результате чего образовался существующий холм.
Летом 2001 года археологической экспедицией Северо-Западного НИИ наследия ИИМК РАН проводилось историко-археологическое изучение Матвеевской церкви, по результатам которого «территория местоположения исторических храмов принята на учёт КГИОП Санкт-Петербурга в качестве охраняемых памятников истории и культуры»[4]. Место, где стояла церковь (фундамент), отнесено КГИОПом к выявленным объектам культурного наследия народов России[7].
Отражение названия церкви в топонимике
Иконостас Покровского придела
Бывшая прицерковная территория неофициально называется Матвеевским садом.
Название храма также послужило источником названий ряда близлежащих улиц:
Покровская улица (до 1923) — улица Подковырова (до середины XIX века — совместно с Кронверкской улицей; до 1820-х гг. название существовало параллельно с названием Матвеевский проспект).
↑«Городские поселения в Российской Империи», СПб., Тип. Тов-ва «Общественная польза» близ Круглого рынка, д. № 5, т.7, с.36, ссылка на Полн. Собр. Зак., т. VIII, № 6214.
В. В. Антонов. Матфиевская церковь // Святыни Санкт-Петербурга: Ист.-церков. энцикл. — СПб., 1994. Т. 1. С. 192—194. (электронная версия на сайте encspb.ru)