На стадии квалификации турнир пройдёт в 2 этапа по системе плей-офф. Победители квалификационного этапа выйдут в групповой этап, проигравшие перейдут в Кубок Конфедерации. На групповом этапе 16 команд будут разбиты на 4 группы, игры пройдут в 2 круга по три тура (игра дома/игра на выезде). По 2 лучшие команды из групп выйдут в этап плей-офф. Финал будет состоять их двух матчей.
Двенадцать стран, имеющих право делегировать сразу по два клуба, определяются на основе рейтинга КАФ за пятилетку с 2011 по 2015 годы.
Команды выделенные жирным шрифтом стартуют не с предварительного, а с 1-го раунда.
16 победителей прошли в групповой этап, а проигравшие команды попали в плей-офф Кубка конфедерации КАФ 2017.
Групповой этап
Жеребьёвка группового этапа состоялась 26 апреля 2017 года в Каире. 16 клубов были разбиты по 4 корзинам в соответствии с рейтингом КАФ. Из каждой корзины в группу попадала 1 команда.