В начале 1990-х гг. деятельность Котовой и возглавляемой ею больницы попала в поле зрения СМИ после того, как журналист Геннадий Майоров опубликовал в газете «Советский спорт» (27.02.1991) интервью с бывшим сотрудником Орловской больницы, рассказавшим о жестоких условиях содержания в ней политических заключённых: «Из них хотели сделать животных»[2]. Татьяна Котова от лица больницы в 1992 году подала иск о защите чести и достоинства, выразив на суде «абсолютную уверенность в справедливости и незыблемости принципов советской психиатрии»: как отмечал в отчёте о процессе журналист Марк Дейч, «все узники орловской психбольницы, по мнению подполковника Котовой, были ненормальными, лечить их было необходимо. В том числе и диссидентов. <…> Не сомневается Татьяна Котова и в необходимости перлюстрации писем больных, и в необходимости невыносимо болезненных инъекций „для наказания“»[3]. Диссидент Владимир Гершуни, находившийся в качестве заключённого в Орловской больнице на протяжении трёх лет, прокомментировал Дейчу демарш Котовой:
Зря они это затеяли. «Врачам» орловской психушки лучше было бы тихо отсидеться: глядишь, всё забылось бы окончательно. Правда, ни я, ни мои товарищи ничего не забыли[3].
Как отмечал в дальнейшем Г. Майоров, суд в Орле «был первым процессом подобного рода, вызвавшим повышенный интерес в кругу диссидентов и правозащитников: ведь многие из них до сих пор не имели возможности публично высказать свои претензии карательной медицине. <…> В приговоре долго искали „золотую середину“. Но главное поражение лидеров спецпсихбольницы заключалось в том, что процесс освещался не только в СССР, но и за рубежом и свою оценку карательной медицине высказали очень многие известные люди»[2].
В постсоветский период Татьяна Котова продолжила работу на прежнем месте и в прежней должности в качестве главного врача ФГУ «Орловская психиатрическая больница (стационар) специализированного типа с интенсивным наблюдением Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации»: как отмечал журнал «Столица», «продолжают процветать в российской психиатрии и такие одиозные личности, как <…> главврач Орловской спецпсихбольницы подполковник внутренней службы Татьяна Котова, запятнавшие себя преследованием инакомыслящих»[4]. Участвовала в «круглых столах» на тему «Защита прав пациентов, находящихся на принудительном лечении. Социальная реабилитация и общественная безопасность»[5].