11 июня 1894 года было утверждено шестое дополнение к уставу Общества Московско-Ярославско-Архангельской железной дороги «О сооружении Вологодско-Архангельской железной дороги». Согласно этому дополнению было поручено построить узкоколейную дорогу в один путь от станции Вологда до города Архангельска.
В 1896 году железная дорога подошла к болоту, где предстояло построить станцию Коноша. В том же году начато строительство вокзала, казармы и барака для железнодорожных рабочих. На берегу Нижнего озера строится насосная станция с жилым домом, существующим и в настоящее время.
22 октября 1898 года было открыто постоянное движение на железной дороге «Вологда — Архангельск». К этому времени все путевые постройки были уже выстроены. Были построены пассажирское здание (вокзал), жилые деревянные дома, бани. Из-за болотного грунта пассажирская платформа на станции была сделана деревянной, на сваях. Административно Коноша относилась к Кремлевской волости Кадниковского уезда Вологодской губернии.
К 1900 году в Коноше стояло 12 домов, из них три магазина.
В Первую мировую войну с закрытием западной границы военная помощь Антанты России шла через Архангельск, и железная дорога от Архангельска к центру страны из второстепенной стала основной. В 1915 году участок узкоколейной железнодорожной линии от Вологды через Коношу до Няндомы был перешит на широкую колею, а в 1916 году ширококолейной стала оставшаяся часть железной дороги до Архангельска.
10 января 1918 в Кадниковском уезде провозглашена Советская власть. Во время Гражданской войны, после отпадения Архангельска от центральной России, Коноша фактически стала административной границей Советской России на севере и прифронтовой зоной. Около северного семафора были вырыты окопы и установлена колючая проволока. По Вельскому тракту (Октябрьский проспект) тоже были вырыты окопы. На станцию стали прибывать войска. Воинские части также были в соседних деревнях Верхняя и Глубокое. В 1918 году в Коноше собирают добровольцев в отряды красногвардейцев для отправки в Вологду, для подавления Ярославского восстания. В 1919 году в Коноше собирают добровольцев для формирования бронепоезда, действовавшего против белых и интервентов в районе станции Плесецкая.
В 1920 году в Коноше была открыта начальная школа.
Во второй половине 1920-х годов Коноша становится центром Кремлёвской волости Кадниковского уезда Вологодской губернии. Переселявшиеся в Коношу окрестные крестьяне ставили дома в районе улицы Советской и проспекта Октябрьский, которые положили начало планировке Коноши.
15 июля 1929 года был образован Коношский район, который вошел в состав Няндомского округа. Постановлением ЦИК и СНК СССР от 23 июля 1930 года «О ликвидации округов» Няндомский округ, как и большинство остальных округов СССР, был упразднён. Его районы отошли в прямое подчинение Северного края. В 1931 году Коношский район был ликвидирован, и Коноша вошла в состав Няндомского района. Однако в 1935 году Коношский район был восстановлен, и к Коноше снова вернулся статус райцентра.
В начале 1930-х в Коноше появились коношский лесозавод (1929), коношский леспромхоз (1930 год), телеграф и телефонный коммутатор на 60 номеров (1930), паровозное депо (1932 год). В 1935 году открылся радиоузел. В 1934—1937 годах строятся вагоно-ремонтное предприятие, железнодорожная ветка на Вельск, вторые железнодорожные пути на Архангельск.
С образованием Коношского района в поселке появились районный клуб, районная библиотека, пожарная часть, электростанция, сберкасса, ветеринарная амбулатория. Строятся Коношеозерская школа и больница, средняя школа. Открыт детдом в Коношеозерье (1935 год). На берегу Нижнего озера создана зона отдыха с комплексом спортивных тренажеров. У бывшего лесничества построена парашютная вышка (1936 год) высотой 36 метров.
В годы Великой Отечественной войны железнодорожные предприятия Коноши обеспечивали бесперебойную работу Печорской линии, подающей воркутинский уголь в центральные районы страны, и Архангельской линии, по которой шли ленд-лизовские грузы. В Коноше размещалось три эвакогоспиталя. Близ Коноши в 1942 году был высажен разведывательный немецкий десант для развертывания наступательной операции от станции Коноша на Вологду.
Послевоенные годы были связаны с развитием железнодорожного транспортного узла, развиваются лесозаготовительная и сельскохозяйственная отрасли. В 1980-е годы в Коноше разворачиваются большие комсомольские стройки: строятся комбикормовый завод и свинокомплекс на 54 тысячи голов, энергоёмкие предприятия, не обеспеченные местной ресурсной базой. Сырье для переработки в комбикорм предполагалось привозить из других регионов страны.
↑Азербайджанцы (7), Грузины (2), Ингуши (1), Казахи (2), Киргизы (1), Коми (4), Лезгины (1), Литовцы (1), Молдаване (6), Мордва (1), Немцы (1), Осетины (8), Поляки (2), Татары (3), Удмурты (1), Узбеки (6), Чеченцы (4), Чуваши (4), Указавшие другие ответы о национальной принадлежности (30), Нет национальной принадлежности (10), Лица, в переписных листах которых национальная принадлежность не указана (99)