В составе батальона долгое время проходил службу на Кавказе. Принимал участие в Русско-турецкой войне 1877—1878 годов на Кавказском театре боевых действий. По окончании войны за боевые заслуги награждён орденом Св. Анны 3-й степени с мечами и бантом (от 25 апреля 1878 г.) и «за отличие в разновременных делах с турками в течение минувшей кампании» орденом Св. Владимира 4-й степени с мечами и бантом (от 16 декабря 1879 г.). Также «за боевые отличия» был произведён в поручики (от 12 июля 1877 г.).
Осенью 1881 года поступил в Николаевскую академию Генерального штаба, но через год был отчислен из академии, «по не выдержании переводного в старший класс экзамена». Однако через два года вновь вернулся в академию, где после сдачи «приёмного и переводного экзамена», был зачислен в старший класс и в 1885 году закончил её по первому разряду.
Особое значение имеют его труды, посвященные Отечественной войне 1812 года: к 100-летнему юбилею Бородинского сражения Колюбакин по поручению Императорского Русского Военно-исторического общества подготовил подневную хронику Бородинской операции с 8 по 26 августа 1812 года, составившую три тома (с 5-го по 7-й) Трудов ИРВИО (окончание хроники, за 24—26 августа, осталось неопубликованным). Колюбакиным так же были переведены на русский язык и опубликованы воспоминания нескольких иностранных участников Бородинского сражения.
В 1911-1912 годах в качестве военного эксперта войны 1812 года был привлечён в группу к художнику Францу Рубо при создании грандиозной панорамы Бородинского сражения 1812 года.
После революции вместе с частью преподавателей и слушателей Академии покинул Петроград и оказался в Сибири, где 26 января 1919 года приказом адмирала Колчака был назначен исполняющим обязанности начальника Академии. С июня по июль 1919 года преподаватель Челябинской кавалерийской школы. В 1921 году занял должность профессора истории в Дальневосточном университете (Владивосток).
Колюбакина выводило из себя «вызубривание назубок» пособий экзаменующимися, от которых он требовал логического понимания сути предмета. Он предлагал учащимся находить нестандартные решения и учил их размышлять. А. А. Игнатьев так отзывался о Колюбакине:
«О высоком сухом человеке с бакенбардами старинного типа, Колюбакине, боевом участнике войны 1877 года, мнения разделялись. Одни — и их было большинство — считали его если не сумасшедшим, то выжившим из ума, а другие, немногие, видели в нём носителя глубокой военной мысли, освобожденной от хлама схоластики и слепого поклонения форме».
После Октябрьской революции 1917 года в следующем 1918 году перешёл на сторону Белой армии. Вместе с профессорско-преподавательским составом Академии, вынужден был эвакуировался из Петрограда в Казань, а затем в Екатеринбург, где 26 января 1919 года «Приказом Верховного правителя и Верховного Главы» А. В. Колчака временно был назначен исправляющим должность начальника Академии. С июня по июль 1919 года преподавал в Челябинской кавалерийской школе. Также есть сведения о пребывании Колюбакина в Самаре, Томске и на о. Русском. Во Владивостоке был избран на должность исправляющего ординарного профессора по кафедре всеобщей истории Дальневосточного государственного университета. При эвакуации из Приморья в 1922 году Белоповстанческой армии, Колюбакин остался во Владивостоке.
Колюбакин был основным консультантом Ф. Рубо при создании панорамы Бородинской битвы, которая была написана с учётом опубликованных исследовательских и архивных материалов.
Из письма Ф. Рубо адресованного Б. Колюбакину:
«Без Вашего содействия я приличную панораму 1812 года написать не могу и сильно надеюсь, что, когда последует окончательное решение, то есть утверждение… утверждение моих предложений… Вы скажете мне, что и как делать».
«Очерки боевой и походной службы 3-й батареи Кавказской гренадерской артиллерийской бригады» (1880—1881 // Артиллерийский Журнал) (перевод на франц. помещён в «Revue d’artillerie»);
«Бегли-Ахметский ночной бой 18-го мая 1877 года (Эпизод из действий кавалерии на малоазиатском театре войны)» (1886);
«Эриванский отряд в кампанию 1877—1878 гг.»: в 2-х частях (СПб., 1893—1895);
Часть 1 (1893);
Часть 2 (1895);
«Воспоминания офицера Кобулетского отряда в кампании 1877—78 гг.» (СПб., 1883—1885 // Военный сборник; отдельно СПб., 1897);
«Набег Дорохова на Смоленскую дорогу с 9 по 14 сентября 1812 года (Эпизод из сентябрьских событий кампании 1812 г.)» (СПб., 1900);
«Русско-Турецкая война 1877—1878 гг. на Кавказе и в Малой Азии»: в 2-х частях (очерки — обзор театра войны, силы и средства сторон, подготовка кампании) (СПб., 1906—1908);
«Конспект лекций курса прикладной тактики — по отделам организации войск и боевых действий пехоты». (СПб., 1898—1899);
«Современная постановка вопроса об организации и соразмерности кавалерии» (СПб., 1900 // Военный сборник, № 1);
«Ведение боя на почве постановки вопроса в войсках германской армии» (Современные тенденции тактики ведения боя). (СПб., 1901 // Военный сборник; отдельно СПб., 1902) (трижды переизданная (3-е изд. 1909), переведён на франц., нем. и болг. языки);
«Свойства и боевое употребление скорострельной артиллерии». (СПб., 1905);
«Учение о бое». (СПб., 1910 // ИИНВА, № 1-2);
«Военная география» (Лекции). (СПб., 1908) (в соавторстве с Г. Г. Гиссером);
«Конспект Русско-турецкой войны 1877—1878 гг.». (СПб., 1908);
«О собирании и издании документов по Бородинской операции 1812 года» (СПб., май 1912 // ИНВА, № 29, Отд. 1);
«На Малоазиатском театре всемирной войны 1914—1916 гг.» Багдадская ж/д (Очерк истории её постройки, её значение и современное состояние в связи с системой прочих ж/д Малой Азии): Эрзерум, Битлис, Трапезонд и Моссул. (Пг., 1917 // ИНВА);
«Организация войск. По лекциям приклалной тактики 1897—1903 гг.». (Пг., 1917);
«История военного искусства». (Вып. 2-й, Томск, 1919).
Публикации и переводы:
«Походный дневник офицера 25-й пехотной Вюртембергской дивизии Фабер дю Фора» (СПб., 1905);
«Сборник сочинений офицеров Николаевской академии Генерального Штаба» (СПб., 1906 // ИНВА, Кн. 1—13);
«Кавказская экспедиция в 1845 году. Поход графа Воронцова в 1845 году в Анди, к аулу Дарго и в Ичкерию. Рассказ очевидца В. Н. Н.» (Из предисл.: Предлежащие по походу 1845 г. мемуары, судя по многим данным принадлежат перу Василия Николаевича Норова) (СПб., 1907);
↑Колюбакин Б. М. // РГВИА. Ф. 74. Оп. 1. Д. 48. Л. 1/об. 58 л. — Фонды личного происхождения.
Литература
Волков Е. В., Егоров Н. Д., Купцов И. В.Колюбакин Борис Михайлович // Белые генералы Восточного фронта Гражданской войны (биографический справочник). — М.: Русский путь, 2003. — С. 117. — 240 с. — ISBN 5-85887-169-0.
Герасимова Г. И.Генерал-лейтенант Колюбакин — историк Бородинского сражения // Проблемы изучения истории Отечественной войны 1812 года: Материалы Всерос. науч. конф., 30 мая — 1 июня 2002 г. / Отв. ред. Н. А. Троицкий. — Ср.: СГУ, 2002. — С. 14–22.