По итогам Венского конгресса, проходившего после окончания войны с Наполеоновской Францией, Варшавское герцогство было упразднено, и в 1815 году посад Кибарты стал частью Царства Польского в составе Российской империи. В 1856 году посад, расположенный вблизи таможенного пункта Вержболово, получил статус города. Значительный рост города произошёл после 1861 года, когда была построена ветка Петербурго-Варшавской железной дороги к прусской границе. Железнодорожная станция, построенная около Кибартая, была названа Вержболово по названию соседнего города Вержболово (станция Вержболово). В 1912 году была открыта школа для мальчиков.
В 1919 году при образовании Литовской Республики вошёл в её состав и был переименован в Кибартай с подтверждением статуса города. В межвоенные годы в Кибартай действовали литовские, немецкие и еврейские школы. Кибартай был последним городом Литвы, где находился президент Антанас Смятона 15 июня 1940 года перед эмиграцией.
С 1940 года в составе Литовской ССР (СССР). Во время Второй мировой войны был оставлен Красной Армией 22 июня 1941 года. Освобожден 18 октября 1944 года войсками 3-го Белорусского фронта в ходе Гумбиннен-Гольдапской наступательной операции. В 1945 году была открыта средняя школа (ныне гимназия имени Кристионаса Донелайтиса). В 1950—1959 годах был центром Кибартского района.
С 1991 года входит в состав Литвы. Герб Кибартая утвержден 24 ноября 1998 года указом президента Литовской Республики по проекту художника Кястутиса Гвалды (Kęstutis Gvalda). В апреле 2001 года было образовано Кибартайское староство, которое включает 39 деревень и город Кибартай.
Один из первых футбольных клубов Литвы — «Здоровье» («Sveikata») был основан в Кибартае в 1919 году.