В 1849 году был произведён в капитан-лейтенанты и назначен командиром брига «Аргонавт», на котором и плавал у кавказских берегов. Затем он командовал пароходом «Бессарабия», корветом «Калипсо» и пароходом «Одесса», командуя которым принял участие в Синопском сражении. 26 ноября 1851 года за участие в 18 морских кампаниях был награждён орденом Святого Георгия 4-й степени.
«…за примерную храбрость и отличное действие пароходом под флагом генерал-адъютанта Корнилова во время сражения с неприятельским пароходом, более чем в трое сильнейшим, за содействие окончательному истреблению неприятельских судов и при выводе своих поврежденных кораблей в море…»
В январе следующего года был назначен командиром фрегата «Кулевчи».
«…Керн — молодец, прекрасно вел себя в сражении, получил чин и фрегат и в весьма непродолжительном времени будет командиром корабля и экипажа.»
После высадки союзников у Балаклавы назначен начальником 4-й оборонительной линии и Малахова кургана. За отличие при обороне Малахова кургана в день первой бомбардировки Севастополя 5 октября 1854 года был награждён орденом Святой Анны 2-й степени.
«Начальником 4-го отделения оборонительной линии назначается капитан 1-го ранга Юрковский и к нему помощником командир 44-го флотского экипажа капитан 2-го ранга Керн…»
— Из приказа начальника гарнизона Севастополя вице-адмирала П. С. Нахимова от 7 марта 1855 года
На этом посту Керн был контужен и ранен в голову. За храбрость и мужество был награждён орденом Святого Владимира 3-й степени с мечами, орденом Святого Георгия 3-й степени, золотым оружием с надписью "За храбрость». 23 февраля 1855 года назначен командиром 44-го флотского экипажа с оставлением в должности командира фрегата[1]. 11 мая 1855 года произведён в чин капитана 1-го ранга и пожалован арендой в 800 рублей на 12 лет.
Далее он был переведён на Балтийский флот. Командовал кораблями «Красное», 1856 год и «Орёл», 1857—1860 года. В кампанию 1861—1862 годов командовал практическим отрядом винтовых канонерских лодок. После чего ещё две кампании командовал отрядом броненосных судов в Балтийском море и Финском заливе.
В 1865—1867 годах Ф. С. Керн командовал отрядом кораблей отправлявшихся на Тихий океан (корвет «Аскольд», клипер «Изумруд», канонерская лодка «Соболь» и шхуна «Алеут»). 30 августа 1867 года[2] Ф. С. Керн был произведён в чин контр-адмирала.
3 декабря 1867 года контр-адмирал Ф. С. Керн подал на имя Управляющего Морским Министерством «Докладную записку» с предложениями по вопросам распространения православия в Японии.
1 января 1872 года он был произведён в чин вице-адмирала и назначен старшим флагманом Черноморского флота. В 1879 году его назначили членом Адмиралтейств-совета. 1 января 1890 года Ф. С. Керн был произведён в чин адмирала.
Умер 18 (30) декабря 1890 года в своём имении Егорье.
В честь Ф. С. Керна названы мыс Керна [Коксанамдан] в Японском море (полуостров Корея) — мыс был обследован в 1886 году экипажем клипера «Крейсер» и тогда же было присвоено название мысу, и мыс Керна в Беринговом море (Анадырский залив, бухта Всадник) — мыс описан в 1876 году экипажем клипера «Всадник», тогда же было присвоено название[3].
↑Масленников Б. Г. Морская карта рассказывает / Под ред. Н. И. Смирнова. — 2-е изд., перераб. и доп. — М.: Воениздат, 1986. — С. 103 — 386 с., ил. — 35 000 экз.