Постановлением ВЦИК от 20 июня 1928 года Карачаевская АО была разделена на 3 округа: Малокарачаевский, Учкуланский и Хумаринский. 30 сентября 1931 года округа были преобразованы в районы. 20 ноября 1931 года в состав Карачаевской АО из прямого подчинения Северо-Кавказского края была передана большая часть Зеленчукского района. 23 января 1935 года был образован Усть-Джегутинский район, а Хумаринский район упразднён. 7 сентября 1938 года были образованы Микояновский и Преградненский районы[2].
По состоянию на 1 января 1941 года в состав области входили 1 город областного подчинения Микоян-Шахар и 6 районов[3]:
По результатам всесоюзной переписи населения 1939 года население области составляло 150 303[1] чел. (в том числе городское 10 713 чел., сельское — 139 590 чел.). Национальный состав населения распределялся следующим образом: