Жан-Батист Жирар родился 21 февраля 1775 года в Провансе в местечке Опс.
27 сентября 1793 года вступил добровольцем в 1-й батальон округа Баржо. 22 марта 1794 года батальон влился в ряды 46-й полубригады линейной пехоты. Сражался в рядах Итальянской армии. 15 сентября 1797 года стал адъютантом генерала Моннье. 5 ноября 1797 года по приказу Бонапарта возглавил роту в 85-й полубригаде. Был ранен в сражении на Бренте.
С 8 мая 1800 года служил в Резервной армии. Отличился при Маренго. 20 сентября 1804 года был назначен начальником штаба 1-го военного округа в Париже.
В сентябре 1808 года с дивизией был переброшен на Пиренейский полуостров. Несколько лет провел в Испании, где сражался в тяжёлых условиях, участвовал в осаде укреплённых городов, таких как Бадахос, был повышен до дивизионного генерала. В 1811 году дивизия Жирара, действовавшего самостоятельно, была разбита англичанами и их местными союзниками под началом генерала Хилла у местечка Арройо дос Молинос.
Отозван для участия в Русском походе 1812 года, где принял под своё командование пехотную дивизию в корпусе маршала Виктора. Поскольку корпус Виктора действовал отдельно от главной армии на северном направлении, и сохранился гораздо лучше основных сил, дивизии Жирара было получено при Березине прикрывать отход французских войск, что он блестяще выполнил.
Когда Наполеон вернулся в 1815 году из ссылки, Жирар поддержал его безоговорочно, ещё до того, как император вошёл в Париж. Сделан пэром Франции. При формировании армии возглавил пехотную дивизию в корпусе генерала Рея. В сражении при Линьи 16 июня 1815 года, он, в парадном мундире, находился со своей дивизией в гуще боя и был смертельно ранен, когда возглавлял атаку на селение Сент-Аман. Генерала увезли в Париж, где он вскоре скончался.
21 июня 1815 года Наполеон присвоил генералу титул герцога Линьи, введя его в круг высших сановников империи, однако правомерность этого была оспорена, в частности потому, что Битва при Ватерлоо была уже проиграна и империи оставались считанные дни.
Генерал Жирар был многократно ранен в боях, отличался непоколебимой преданностью императору. Наполеон в ссылке на Святой Елене говорил о Жираре, как об «одном из храбрейших солдат французской империи, в котором горел священный огонь». Император в знак признательности завещал наследникам генерала 100 000 франков.