Живя в Царском Селе, он близко сошёлся с Евгением Александровичем Лансере, известным скульптором-анималистом, на сестре которого он женился в 1876 году, несмотря на то, что мать его прочила ему более знатную невесту[4].
В 1878 году получил от матери доставшуюся ей в наследство после смерти двоюродного брата Фёдора Васильевича Протасьева, четверть села Протасьев угол, в котором окончательно поселился со своей семьёй. Мемуары Михаила Алексеевича Бер описывают это так: «Николай Николаевич стал жить [в Протасьевом Углу] с 1880 или 81-го года. До этого он жил в своем имении „Нескучное“ в Харьковской губернии, гдe и родились старшие его дочери Надя и Зина. Имение это он продал брату жены Евгению Александровичу Лансере, известному скульптору-анималисту».
С 29 сентября 1880 года Н. Н. Бер — почётный мировой судья Сапожковского уезда Рязанской губернии. На должности участкового (либо почётного) судьи многократно переизбирался; с 15.12.1887 — участковый мировой судья этого уезда на очередное трёхлетие.
С 15 декабря 1887 года был определён на службу чиновником V класса (статский советник) для особых поручений при Министре Императорского двора и уделов[5]. Министром двора с 1882 года был граф Илларион Иванович Воронцов-Дашков, бывший командир эскадрона, в котором служил Николай Бер. С 1 января 1889 года — действительный статский советник. В 1891—1901 гг. — чиновник для особых поручений.
За время своей службы в Уделах Николай Николаевич проявил большую энергию и предприимчивость. Он управлял имением Великого Князя Михаила Александровича (брата Государя) Островы Ченстоховского уезда Петроковской губернии. Положил много труда и впервые успешно начал орошение Мургаба в Туркестане на землях, принадлежащих Удельному ведомству. Рационально поставил лесные эксплуатации в Архангельской и Вологодской губерниях, где по его инициативе были построены лесопильные заводы. Постоянные разъезды, между прочим и в Лондон [для организации поставок северного леса — АБГ], которых требовало управление всеми этими имениями, не помешали ему вести своё хозяйство
— Мемуары Михаила Алексеевича Бер. Машинопись. Семейный архив рода Бер. Великобритания.
В 1894 году после смерти матери унаследовал имение Строевское, и четверть имения Протасьев Угол в Рязанской губернии[5]. В Рязанской губернии во владении Бера было всего родовых земель 922 десятин.
Весной 1896 года был назначен заведующим устройством коронационных увеселений и зрелищ, в мае 1896 года — председатель комиссии по организации торжеств по случаю коронации Николая II. После трагедии на Ходынском поле имел много неприятностей, испытывал чувство вины, хоть и не был виноват (обеспечение порядка на Ходынском поле не входила в его обязанности). После Ходынки здоровье его было полностью подорвано, он утратил интерес к родным, к жизни вообще. Хозяйство его пришло в упадок. Всем распоряжались дочери[4].
Жена — Мария Александровна Лансере (1849—1932), сестра известного скульптора Евгения Александровича Лансере и дочь статского советника Людвига Пауля (Александра Павловича) Лансере (1815—1869), сына майора наполеоновской армии Пауля Лансере, получившего русское подданство, и Элеоноры Антоновны Яхимовской (1824—1856).
Дети:
Надежда Николаевна Бер (29.9.1876 — 14.03.1920) замужем за троюродным братом Михаилом Алексеевичем Бер
«Николай Николаевич Бер был очень высокого роста, плечистый, некрасивый. Он был умный, живой, начитанный и культурный человек и считался вольнодумцем, как в политических, социальных и религиозных взглядах, так и в воспитании своих детей»[4].
28 апреля 1892 г. как чиновник особых поручений при министре двора, он приезжал к земскому начальнику Рязанской губернии И. Н. Мордвинову для выяснения вопроса о снабжении продовольствием голодающего населения. Побывав на хуторе Мордвинова Утес, в двух верстах от Бегичевки, где остановился Л. Н. Толстой, Бер проехал оттуда в Бегичевку, чтобы познакомиться с Толстым. Толстой пишет по этому поводу: «Я получил нынче от бывшего у нас Бера, посланного в Рязанск[ую] губ[ернию] от Комитета наследника, обещание денег на вагон семени и теперь посылаю в Орел за этим В. И. Скороходова»[9].
В 1902 году справочник «Вся Россия» упоминает, что село Протасьев Угол «замечательно по находящемуся здесь обширному конскому заводу (арденской и першеронской породы 44 матки), принадлежащему Н. Н. Беру»[10].
Начало конскому заводу положили несколько кобыл, купленных Н. Н. Бером у Великого Князя Николая Николаевича в его имении «Пернове» в Тульской губернии. Восемь кобыл были типа першеронов, очень крупные и породистые. На заводе Князя Вяземского была приобретена другая часть лошадей; оттуда же был заводчик Арденской породы.
При жизни Николая Николаевича завод этот стоял на большой высоте и лошади продавались в очень выгодных условиях (500—600 рублей). Завод был зарегистрирован в Главном Управлении Коннозаводства; велся правильный студбук (книга по учету жеребцов) и каждая лошадь снабжалась аттестатом. Два-три очень удачных экэемпляра были получены от 3/4 кровного английского жеребца и першеронских кобыл; получились прекрасные экипажные лошади, достаточно массивные и вместе с тем обладающие резвостью и энергией. Завод этот был любимым детищем дяди Коли
— Мемуары Михаила Алексеевича Бер. Машинопись. Семейный архив рода Бер. Великобритания.
↑Дубин А. С. Новодевичье кладбище / А. С. Дубин // Исторические кладбища Санкт-Петербурга / А. В. Кобак, Ю. М. Пирютко. — Изд. 2-е, дораб. и испр. — М. : Центрполиграф ; СПб. : Русская тройка — СПб, 2011. — С. 488. — 797, [3] с. — 1500 экз. — ISBN 978-5-227-02688-0. — OCLC812571864.
↑Бер Николай Николаевич // Список гражданским чинам IV класса : Испр. по 1-е июня 1900 г. — С. 444.