Монастырь основан святым Александром Свирским в конце XV века в малолюдном лесном Олонецком крае среди поселений языческих народов — карелов, вепсов, чуди. Вскоре у Александра Свирского появились ученики. Ещё при жизни основателя обитель складывалась как два связанных друг с другом, но независимо расположенных комплекса (отделения): Троицкого с братскими кельями и Преображенского — рядом с кладбищем. Их связывает дорога, идущая вдоль озера.
Небольшая каменная Покровская церковь с трапезной в Троицкой части — наиболее древнее строение обители. Она была построена при участии самого Александра Свирского в 1533 году на пожертвования Василия III.
В 1802 году по просьбе настоятеля монастыря архимандрита Иосифа, с высочайшего разрешения митрополита Новгородского и Санкт-Петербургского Амвросия, при монастыре было учреждено двухклассное Свирское (Олонецкое) духовное училище для обучения детей церковнослужителей. Училище располагалось в монастырском корпусе. Предусматривалось полное монастырское содержание для учителей и учеников, которые одновременно находились в числе послушников монастыря. В 1856 году численность учащихся составляла 48 человек. В июле 1870 года Указом Святейшего Синода духовное училище было закрыто и объединено с Петрозаводским духовным училищем[1].
С 1873 года настоятельство Свирского монастыря предоставлено епископам Олонецким и Петрозаводским, а в монастыре учреждено наместничество. С 1890 года монастырь снова сделан самостоятельным и общежительным с особым настоятелем-архимандритом.
В 1900 году в монастыре построена часовня в память чудесного избавления от смерти императора и его семьи во время крушения императорского поезда.
Осенью 1918 года монастырь был захвачен и разграблен чекистами, а его настоятель архимандрит Евгений (Трофимов) расстрелян в г. Олонец. В 1919 году монастырь захватили белофинны, но он был освобожден в результате Видлицкой операции.
В годы советской власти обители использовали под детский и инвалидный дома. Некоторое время в монастыре располагался техникум, а в Троицком комплексе с 1953 по 2009 год находилась Свирская психиатрическая больница.
Восстановление обители началось в 1997 году.
В 2012 году по благословению Епископа Тихвинского и Лодейнопольского Мстислава был создан Праздничный архиерейский хор. Он состоит из выпускников высших музыкальных заведений стран СНГ. Среди исполняемых сочинений: древние византийские песнопения и знаменные распевы, литургическая музыка XIX—XX веков, русские, украинские и белорусские народные песни.
Детчуев Б. Трагедия в монастыре: [Александро-Свирский монастырь Олонецкого уезда] // Север. — 1991. — № 12. — С. 126—136.
Галкин А. К. Александро-Свирский монастырь как резиденция викарных епископов и центр духовного образования // Санкт-Петербургские епархиальные ведомости. — Вып. 34. — 2006. — С. 11—15.
Никодим, архимандрит. Настоятель Александро-Свирского монастыря архимандрит Агафангел. — Петрозаводск, 1910.