Combinația de climă, topografie specifică cu multe masive montane, formațiuni de rocă, tipuri de sol și condiții hidrologice, precum și lipsa unei influențe antropice puternice, au contribuit la formarea unor habitate diverse. Există 450 de specii de plante vasculare, care constituie 12% din numărul total de specii din Albania.[7] Vegetația parcului Mali me Gropa-Bizë-Martanesh este împărțită vertical în mai multe zone distincte: o zonă mediteraneană și o zonă alpină. Zona mediteraneană este formată dintr-o subzonă de conifere (dominată de pin negru, fag european, brad argintiu, cer, gârniță și scumpie(d)) și o subzonă foioase (acoperită cu cimișir, ienupăr roșu(d) și spinul lui Cristos).[7] Zona alpină este compusă în principal din iarbă, mușchi și licheni și conține, de asemenea, o cantitate abundentă de afine(d) și flori rare. Specile cele mai comune sunt ghințura de primăvară, trandafirul de piatră(d), ochiul boului de munte, talpa-mâței(d), afinul european și griciorei(d).[7]
Parcul natural Mali me Gropa-Bizë-Martanesh include cinci monumente ale naturii: peșterile Xixelles, Valit și Shutrese, Malit me Gropa și o vale glaciară cu un lac.[9]