Din punct de vedere politic, pontificatul a coincis cu mișcări revoluționare în Italia și în toată Europa. Inițial papa Pius al IX-lea a fost liberal, eliberând deținuții politici închiși de predecesorii săi. De asemenea a propus Romei un cadru constituțional de guvernare. A devenit conservator după unele asasinate politice, acte teroriste și revoluțiile din Italia, Franța și Germania. În timpul revoluției de la 1848 a fost nevoit să părăsească Roma, iar pe 20 septembrie 1870 Statul Papal a fost ocupat de Regatul Italiei. Papa nu a acceptat Legea Garantării din partea Italiei, care presupunea finanțarea Vaticanului și dependența politică față de Regatul Italiei.
Afacerea Edgardo Mortara, legată de un copil evreu botezat la vârsta de 2 ani de o slujnică a familiei sale, care a fost ulterior educat la o școală catolică și a devenit ulterior misionar, a otrăvit relațiile papei cu comunitățile evreiești și cu cercurile liberale contemporane. Papei i-a fost reproșată protecția lui Edgaro Mortara împotriva voinței familiei sale.
Caracterizarea pontificatului
Papa Pius al IX-lea a fost deopotrivă iubit, venerat și detestat de contemporani. Apelul său cu privire la „Obolul Sfântului Petru”, care chema la susținerea financiară a Sfântului Scaun, după ce papa a devenit prizonier în Cetatea Vaticanului înconjurată din toate părțile de Italia, a fost suficient pentru a-i menține independența.