Ioana s-a născut la Praga în 24 ianuarie1547 și era cea mai mică dintre cei 15 copii a lui Ferdinand I, Împărat al Sfântului Imperiu Roman și al Annei Iagello. Ea nu și-a cunoscut mama, care a murit la două zile după nașterea ei. Prin tatăl ei, Ioana era o descendentă a Isabelei a Castiliei. Părinții ei au contractat pentru ea căsătoria cu urmașul familiei de' Medici, intrată de curând în grupul familiilor nobile din Europa. Familia de' Medici, prin această căsătorie se unea cu cea mai importantă familie regală a Europei, Habsburgi.
Căsătoria
A fost primită cu multe onoruri la Florența în 1565; printre operele create în onoarea sa se numărau Coridorul Vasarian, Fântâna lui Neptun și o serie de fresce în Palazzo Vechio. Căsătoria cu Francesco I de' Medici, Mare Duce de Toscana, a avut loc în 25 decembrie 1565 la Florența. Cu această ocazie orașul a fost împodobit cu ajutorul artiștilor vremii: Giorgio Vasari, Vincenzo Borghini, Giovanni Caccini. Casele care nu erau destul de frumoase, au fost acoperite cu panouri pictate de Carlo Portelli și Santi di Tito, în timp ce în actuala Piazza Goldoni au fost purtate o serie de statui care-l reprezentau pe Imeneo. Alte decorații au fost executate de Alessandro Allori.
Însă viața cu Francesco nu a fost plăcută. Francesco era o persoană neliniștită, interesat de științele oculte, alchimie și arte și era de părere că soția sa era incultă și puțin elegantă, deoarece suferea de o malformație la coloana vertebrală. Ioana era nefericită și îi era dor de casă. Ignorată de soțul ei și disprețuită de florentini deoarece era austriacă, Ioana nu s-a simțit "acasă" în Florența.
Rivalitatea cu Bianca Capello
La puțin timp după căsătorie, Francesco a început o relație secretă (care curând a devenit de domeniu public) cu o nobilă venețiană, Bianca Capello. Încet încet, Francesco și Bianca au devenit tot mai îndrăzneți și erau bârfiți la toate curțile Europei (și Bianca era căsătorită). Poziția Ioanei era dezavantajată și de faptul că născuse șase fiice (din care doar două vor ajunge la maturitate), iar mult așteptatul fiu nu sosea.
Absența unui moștenitor de sex masculin care să continue dinastia, a fost cauza unui conflict permanent cu soțul ei, care prefera compania amantei sale Bianca, care i-a dăruit un fiu, Antonio, în 1576. Pe Ioana nu o irita prea mult relația soțului cu Bianca, soț de care nu era legată sentimental, cât o deranja faptul că nu era tratată conform rangului ei de prințesă. Ne rămân câteva scrisori ale Ioanei, în care ea se plânge socrului său Cosimo I de' Medici și cumnatului său Ferdinando de' Medici. Cumnatul său s-a dovedit un aliat puternic al Ioanei împotriva amantei lui Francesco, care a fost exilată la Palazzo Pitti. Dar acest fapt nu i-a oprit pe cei doi amanți, care continuau să se întâlnească și să trăiască împreună.
Problema moștenitorului
Ioana născuse șase fete, din care doar două au ajuns la maturitate (una dintre ele a fost faimoasa Maria de' Medici), regină a Franței). Acestea erau excluse la succesiune, de aceea nașterea lui Fillipo, în 20 mai 1577, a fost sărbătorită cu mare bucurie și succesiunea Marelui Ducat al Toscanei părea asigurată. În același timp elimina toate speranțele Biancăi Capello că fiul ei, Antonio, va deveni într-o zi moștenitor al Toscanei. Despre acest fiu circulau zvonuri că nu era al ei, ci al unei servitoare. Adevărul despre acest fiu rămâne un mister și în zilele noastre.
Moartea
În 10 aprilie 1578, Ioana, care era însărcinată, a căzut pe scări. Câteva ore mai târziu ea a născut un fiu, care născut prematur a murit imediat. A doua zi, 11 aprilie, Ioana a murit. Circumstanțele morții ei au făcut să apară zvonuri cum că ar fi fost ucisă de soțul ei și Bianca pentru a se putea căsătorii. Dar o anchetă medicală modernă asupra rămășițelor ei, a confirmat versiunea oficială a morții Ioanei. Ea de asemenea a suferit de scolioză: avea coloana vertebrală și pelvisul deformate. În aceste condiții toate nașterile au fost dificile și pare remarcabil faptul că le-a supraviețuit. A fost înmormântată la Capelele Medici.
Fiul său Fillipo a murit la doar patru ani, în 29 martie 1582.
Francesco s-a recăsătorit un an mai târziu 1579 cu Bianca Capello, care între timp devenise văduvă după asasinarea "misterioasă" a soțului ei. Dar idila lor nu a durat mult, deoarece amândoi au murit în 1587, la villa di Poggio a Caiano. Imediat după moartea lor s-a presupus că ar fi fost otrăviți de fratele lui Francesco, Ferdinand, chiar dacă versiunea oficială era că au murit de malarie. Doar în 2006 au fost găsite resturile organice ale celor doi, și, în urma analizelor toxicologice s-a declarat ca posibilă cauză a morții, otrăvirea cu arsenic.
Antonio a fost înlăturat de la succesiune de către fratele lui Francesco, Ferdinand, care a renunțat la purpura de cardinal și a devenit Mare Duce de Toscana.
Urmași
Ioana a avut opt copii, dar doar doi au ajuns la maturitate.
Elisabeta Marie, Prințesă de Windisch-Graetz •Helena, Ducesă Philipp de Württemberg** •Rosa, Ducesă de Württemberg** • Arhiducesa Dolores** • Maria Inmaculada, Nobile Inigo Neri Sereneri** • Margarita, Marchiză Taliani di Marchio** • Prințesă Maria Antonia, Mrs. Luis Pérez** • Arhiducesa Assunta, Mrs. Joseph Hopfinger** • Elisabeta, Contesă de Waldburg-Zeil** • Hedwig, Contesă de Stolberg-Stolberg** • Gertrud, Contesă de Waldburg-Zeil-Trauchburg** • Arhiducesa Maria Elisabeta** • Arhiducesa Agnes** • Arhiducesa Margarethe, Mrs. Alexander Cech •Ilona, Ducesă de Mecklenburg • Arhiducesa Anna Theresia • Arhiducesa Maria Kynga, Mrs. Joachim Krist
Generație 17
Arhiducesa Adelheid •Charlotte, Ducesă de Mecklenburg •Elisabeta, Prințesă Heinrich de Liechtenstein • Elisabeta, Edle Hubert von Braun** • Alice, BaronesăVittorio Manno** • Marie Antoinette, Baronesăde Prdef in Irnich** • Arhiducesa Marie Christine** • Arhiducesa Walburga, Mrs. Carlos Tasso** • Arhiducesa Verena** • Arhiducesa Katharina, Mrs. Roland Huber** • Agnes, BaronesăPeter de Fürstenberg** • Maria Ileana, Contesă Adam Kottulinski** • Alexandra, BaronesăViktor de Baillou** • Maria Magdalena, Baronesăde Holzhausen** • Arhiducesa Elisabeta, Mrs. Friedrich Sandhdeer** •Agnes, Prințesă Karl Alfred de Liechtenstein** • Arhiducesa Maria Margaretha** • Arhiducesa Ludovica** • Arhiducesa Allix** • Josepha, Contesă Clemens de Waldstein-Wartenberg** •Valerie, Margravine de Baden** • Alberta, BaronesăAlexander de Kottwitz-Erdödy** •Theresa, Prințesă Rasso de Bavaria** • Maria Inmakulata, Contesă Reinhart de Hoensbroech** • Arhiducesa Monika, Mrs. Charles de Rambures • Arhiducesa Marie Christine, Mrs. Raymond van der Meide • Arhiducesa Maria, Mrs. Wilhelm de Witt • Margherita, Contesă Benedikt de Piatti
Generație 18
Andrea, Contesă de Neipperg •Monica, Ducesă de Maqueda •Michaela, Contesă Hubertus de Kageneck •Arhiducesa Gabriela, Mrs. Christian Meister •Walburga, Contesă Archibald Douglas • Maria Beatrix, Contesă Riprand de Arco-Zinneberg*** • Isabella, Contesă Andrea Czarnocki-Lucheschi*** • Maria del Pilar, Edle Vollrad-Joachim von Poschinger • Kinga, Baronesă Wolfgang de Erffa • Arhiducesa Marie Adelheid, Mrs. Jaime Corcuerra • Arhiducesa Viridis, Mrs. Karl Dunning-Gribble • Arhiducesa Alexandra, Mrs. Héctor Riesle • Maria Constanza, Prințesă de Auersperg-Trautson • Maria Anna, Prințesă Peter Galitzine • Catharina, Contesă Maximiliano Secco d'Aragona • Arhiducesa Elisabeta, Mrs. James Litchfield • Sophie, Prințesă de Windisch-Grätz • Arhiducesa Marie Christine, Mrs. Clemens Guggenberg • Arhiducesa Marie Bernadette, Mrs. Rupert Wolff** • Arhiducesa Katharina, Mrs. Niall Brooks** • Arhiducesa Alicia** • Arhiducesa Maria Christina** • Arhiducesa Margareta, Mrs. Andreas Baumgartner** • Arhiducesa Marie Valerie, Mrs. Martin Josef Wagner** • Arhiducesa Hedwig** • Arhiducesa Veronika** • Arhiducesa Johanna • Arhiducesa Elisabeta • Arhiducesa Celina • Arhiducesa Maria Floriana • Arhiducesa Sdeía • Arhiducesa Anna Carolina • Arhiducesa Theresa • Arhiducesa Sophie • Arhiducesa Ladislaya