A 2ª Eliminatória da Taça da Liga 2009/2010 teve o mesmo modelo da edição anterior.
Nesta fase às oito apuradas na 1ª Eliminatória juntaram-se as 10 últimas equipas da Liga Sagres 2008/2009 e foram constituídos seis grupos de três equipas em confronto numa única volta.
Estrutura da Eliminatória
Cor da tabela
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Apurados para a 3ª Eliminatória
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Grupo A
a.^ A LPFP declarou o Portimonense como apurado, pelo critério «3.º Média etária mais baixa dos jogadores utilizados durante a respectiva fase».[1]
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b.^ Devido a problemas com a iluminação ao minuto 50, o jogo foi interrompido e foi retomado no dia seguinte.[2]
Grupo B