Embora a Associação de Futebol da Palestina tivesse sido fundada em 1952, a Seleção foi impedida de ingressar na FIFA até 1998, com a criação da Autoridade Nacional Palestina. Em julho de 1998, realizaria seus primeiros jogos internacionais, contra Líbano, Síria e Jordânia; no ano seguinte, sob o comando do israelense Azmi Nassar, os palestinos levaram a medalha de bronze ao perderem para a mesma Jordânia na semifinal dos Jogos Pan-árabes.
A primeira partida da Seleção realizada em solo palestino
Dez anos depois de ser admitida pela FIFA, a Palestina escreveu um novo capítulo em sua história futebolística, ao receber a Seleção pela primeira vez em seu território, onde enfrentaria a Jordânia; o jogo terminou empatado em 1 a 1, e foi acompanhada pelo rei jordaniano, Abdullah II, pelo presidente da ANP, Mahmoud Abbas, e pelo presidente da FIFA, Joseph Blatter. Três anos depois, disputaria pela primeira vez uma partida de Eliminatórias da Copa em território palestino, recebendo o Afeganistão, o que foi considerado um "momento histórico". A participação palestina nas Eliminatórias terminou com a eliminação frente à Tailândia. A Fundação do Catar também tem patrocinado jogadores da seleção palestina contratados no Barcelona Esporte Clube.[2]