São Tomé de Covelas é uma povoação portuguesa do Município de Baião que foi sede da extinta Freguesia de São Tomé de Covelas, freguesia que tinha 6,16 km² de área e 576 habitantes (2011), e, por isso, uma densidade populacional de 94 hab/km².
A Freguesia de São Tomé de Covelas foi extinta em 2013, no âmbito de uma reforma administrativa nacional, tendo sido agregada à Freguesia de Santa Cruz do Douro, para formar uma nova freguesia denominada União das Freguesias de Santa Cruz do Douro e São Tomé de Covelas com sede em Santa Cruz do Douro.[1]
São Tomé de Covelas até Julho de 2001 era chamada apenas Covelas.