Foi fundado em 23 de janeiro de 2008 como Rio de Janeiro Imperadores, sendo o primeiro time de grama da cidade. O nome foi uma homenagem ao bicentenário da chegada da família real ao Brasil (1808-2008). Além disso, o local de treinamento da equipe naquela época era a Quinta da Boa Vista, que por muito tempo foi a casa da Família Real Portuguesa.
No ano de 2009 se tornou o primeiro campeão brasileiro da categoria, vencendo o Torneio Touchdown.[3] Na grande final, superou o São Paulo Storm por 14 a 7 em Sorocaba, São Paulo.
A decisão do Touchdown teve início em 24 de novembro, na capital paulista. Entretanto, uma queda de energia no estádio do Ibirapuera no começo do segundo tempo forçou a interrupção da partida, quando o Rio de Janeiro vencia por 14 a 0, e São Paulo tinha a posse de bola.
O Rio de Janeiro havia sido o campeão da Divisão Leste, e antes da decisão despachara o Barigui Crocodiles por 20 a 0. Na outra semifinal, São Paulo, que tinha sido o dono da melhor campanha entre os segundos colocados, eliminara o Cuiabá Arsenal na prorrogação.
Na temporada 2010 disputou a LBFA (Liga Brasileira de Futebol Americano).
Após a temporada de 2012, o time anunciou o encerramento de sua parceria como o Fluminense.[5]
O Futebol Americano rubro-negro iniciou-se em 2013 com a parceria do Clube de Regatas do Flamengo com o time Carioca Imperadores, anteriormente Fluminense Imperadores. Contando com uma base sólida, composta por um dos elencos mais fortes do FA no Brasil, o time conseguiu, logo em sua primeira participação, o título de sua conferência de maneira invicta. Porém, perdeu a final do Torneio Touchdown para o Jaraguá Breakers nos minutos finais da partida em uma hail-mary por 15 a 11.
Em 2014, a equipe terminou na quinta colocação.
No ano de 2015, o Flamengo FA chegou até as semifinais. Na temporada seguinte, a equipe fez uma bela campanha e terminou com o vice-campeonato do Brasil Bowl. No ano de 2017, voltando as origens, retornou com o nome Flamengo Imperadores, após 4 anos de Flamengo Futebol Americano.
Em 2018, a equipe participou do primeiro Campeonato Carioca de futebol americano, onde sagrou-se campeã invicta, vencendo o então Vasco Patriotas na decisão, no estádio Moça Bonita, em Bangu, Rio de Janeiro. No ano seguinte, o time rubro-negro ficou com o vice-campeonato estadual.
Mascote
O Urubu Imperador foi criado em março de 2018, idealizado e desenhado por Márcio De Luca. O mascote passou a estampar as camisas do time no ano seguinte. Seu nome surgiu através de uma votação realizada entre membros da equipe e a torcida rubro-negra.
Equipe campeã do RJ Imperadores no Torneio Touchdown 2009
