A diferença entre espécies endémicas e nativas é de que as endémicas só existem exclusivamente num determinado espaço geográfico ou região, resultaram da diferenciação em espécie (Especiação) devido ao isolamento geográfico, enquanto as espécies nativas existem naturalmente em vários espaços geográficos ou regiões e não são somente exclusivas de um único (não tendo sido introduzidas intencionalmente pelo Homem ou resultado de ação humana, tal como tendo sido introduzidas não intencionalmente devido a terem vindo em transportes, por exemplo).
A nível biogeográfico há uma extensa faixa costeira do Noroeste da África, fronteira a esses grupos de ilhas, que se estende desde algumas áreas do Saara Ocidental (anexado por Marrocos) e da Mauritânia, a denominada região biológica do Deserto Costeiro Atlântico, parte extremo-ocidental do Saara, que tem algumas características em comum com a Macaronésia a nível de flora (em pequenos enclaves isolados), mas que é mais frequentemente incluída, devido à maior parte da flora e fauna, na região Saaro-Arábica, e esta por sua vez, muitas vezes é incluída na grande região ou Reino Paleártico, tal como a Macaronésia.
A Macaronésia tem poucas espécies de mamíferos endémicos ou nativos terrestres devido à maior distância a que está dos continentes pelo que as únicas espécies de mamíferos endémicas ou nativas que existem são as dos mamíferos voadores, caso dos morcegos.
Morcego-dos-Açores (Nyctalus azoreum), uma espécie de morcego pertencente ao género Nyctalus, sendo a espécie mais pequena deste género biológico (também pode ser denominada de morcego anão), e é uma das poucas espécies de mamífero endémicas dos Açores. Tem como característica invulgar de comportamento o facto de ser uma das duas únicas espécies de morcego que caça durante o dia (juntamente com uma pequena população de Pipistrellus pygmaeus no centro de Itália), provavelmente devido à ausência de predadores, e também tem uma forte atividade diurna para além da caça. Devido ao facto de os morcegos desta espécie não serem exclusivamente noctívagos podem portanto ser avistados durante o dia.
O dragoeiro (Dracaena draco) uma espécie adaptada a climas secos, é abundante nas Canárias, também existe em Cabo Verde, arquipélago também com clima seco, no entanto, também está presente na Madeira e nos Açores, que têm climas pluviosos.
Atualmente, a maioria dos seres vivos endémicos no mundo está em risco de extinção. O derrube das florestas para madeira e lenha, a limpeza de vegetação para pastoreio e agricultura, bem como a introdução de plantas e animais exóticos pelos seres humanos deslocou grande parte da vegetação nativa destas ilhas.