A partir de 1580, missionários franciscanos e jesuítas fundaram diversas reduções[nota 1] no território que atualmente corresponde ao Paraguai e adjacências (sudoeste do Brasil e região do chaco, que incluí o sudeste da Bolívia e o Norte da Argentina). O principal objetivo dessas reduções era evangelizar os nativos e integrá-los ao Império Espanhol.
As primeiras reduções foram fundadas por franciscanos em 1580, no território que atualmente corresponde ao Paraguai e procuravam evangelizar nativos da etnia guarani. A partir de 1609, os jesuítas começaram a fundar reduções e houve uma diminuição da ação dos franciscanos entre os nativos da região que somente seria retomada após a expulsão dos jesuítas do Império Espanhol em 1767.
No início, as reduções se concentraram entre os guaranis[1] e incluíam regiões que atualmente pertencem ao sudoeste do Brasil que na época pertenciam ao Império Espanhol. As reduções formadas em território brasileiro foram destruídas pela ação dos bandeirantes e pelas Guerras Guaraníticas.
Posteriormente, foram fundadas reduções para evangelizar outras etnias como os chiquitos que habitavam o sudeste da Bolívia (ver: Missões jesuíticas entre os Chiquitos). Também foram fundadas reduções para evangelizar diversas etnias que habitavam o norte da Argentina na região do chaco.[2]
Alonso de San Buenaventura e Luís de Bolaños, no dia 8 de fevereiro de 1580, fundaram a redução de "San Lorenzo de los Altos", nas proximidades de Assunção, entre nativos da etnia guarani.
Em 1599, a administração de todas as reduções dos fundadas pelos franciscanos, com exceção da de Itá, foi tranferida para o clero secular, pelo Bispo Vásquez de Liano[3].
A partir a expulsão dos jesuítas, em 1767, franciscanos vinculados ao Colégio Franciscano de Tarija, na Bolívia, começaram a fundar reduções na região do Chaco, principalmente entre nativos da etnia chiriguana, no chaco boliviano, no território em forma de meia-lua que se estendia da atual Cochabamba, passava por Santa Cruz de la Sierra e também abrangia a Província de Salta. Nessa etapa, destacou-se Francisco del Pilar.
A ação dos franciscanos foi interrompida pelas Guerras de Independência na década de 1810 e somente retomada em 1848.[2]
Antes de fundar as reduções entre os guaranis, os jesuítas tinham fundado a Redução de Juli, em 1576, que tinha como objetivo evangelizar nativos da etnia aimará, que residiam nas margens do Lago Titicaca.
O primeiro jesuíta a atuar entre os nativos da região teria sido Alonso de Barzana que, em 1593, depois de ter atuado entre os lules e matarás na Província de Tucumán, se dirigiu à cidade Corrientes.
Em 9 de fevereiro de 1604, foi criada a Província Jesuítica do Paraguai, que teve como primeiro superior Diego Torres Bollo, que entre 1581 e 1585 dirigiu os trabalhos na Redução de Juli. Diego chegou à Assunção em 1607, acompanhado de treze padres[4].
Em 4 de abril de 1609, foi concedido, às missões jesuíticas na região, o "Real Patronato", que colocava os nativos reduzidos a salvo dos encomiendeiros. Essa concessão foi reforçada por uma ordem expedida em 26 de novembro daquele ano, pelo Governador das Províncias do Rio da Prata e do Paraguai.
Em 29 de dezembro de 1609, com o apoio do governador Hernandarias, foi fundada a primeira redução jesuítica da região: "San Ignacio Guazú", por Marcial de Lorenzana e Francisco de San Martín, entre os guaranis liderados pelo cacique Arapizandú.
Muitas reduções foram fundadas em territórios que atualmente pertencem ao sudoeste do Brasil, mas essas foram destruídas pela ação dos bandeirantes. A ação destrutiva somente foi contida a partir de março de 1641, quando guaranis, armados com armas de fogos, derrotaram bandeirantes nas proximidades do Morro Mbororé, na Província de Misiones, na Argentina (Batalha de M'Bororé).
Em 1645, o Vice Rei do Peru permitiu o armamento dos nativos reduzidos.
A partir de 1691, foram fundadas reduções de nativos da etnia chiquitana (chiquitos).
Em 1744, a Companhia de Jesus realizou um censo que indicou que existiam 84.000 nativos em reduções sob sua administração na região[5].
No dia 27 de fevereiro de 1767, foi expedida pelo Rei Carlos III uma ordem de expulsão dos jesuítas do Império Espanhol.[2]
Em 1669, a redução de "San Ignácio de Caaguazú" foi refundada na sua localização atual, a 279 Km de Assunção, no Departamento de Misiones, com o nome de "Santiago Apóstolo". No local existe um museu com esculturas em madeira da época dos jesuítas[5].
A primeira dessas foi "San Javier", fundada em 27 de junho de 1743, pelos jesuítas Francisco Burgés e Jerónimo Nuñez, e pelos caciques mocovís Chitalín e Aletín. Em 1748, chegou o missionário Florián Paucke, que lideraria a missão entre 1749 e 1767, ano da expulsão dos jesuítas, quando a redução. contava com 982 habitantes.
Em 1749, a redução foi deslocada 7 léguas para o norte, para evitar confrontos colonos que começavam a se instalar nas proximidades. Em 1750, fizeram um novo deslocamento, dessa vez para seis léguas mais ao norte da nova posição, chegando ao lugar onde hoje se situa a cidade de "San Javier".
A redução de "Nuestra Señora de la Concepción de Cayastá", teve como primeiros habitantes 339 nativos da etnia charrúa, capturados em novembro de 1749, pior Francisco Antonio de Vera Mujica, Governador de Santa Fé. Fundada em 17 de setembro de 1750, às margens do Arroio de Cayastá. Deixou de existir em 1820.
Em 1865, os franciscanos fundaram no mesmo lugar redução "San Buenaventura del Monte Alto", dessa vez com nativos da etnia vilela, até que a abandonaram em 1872.
Inicialmente foi liderada por Martín Dobrizhoffer, que posteriormente deixou a missão sob os cuidados de José Brigniel e Gerónimo Rejón. Em 1767, tinha cerca de 350 habitantes.
Em 1799, habitava 427 nativos mataguaios, principalmente do subgrupo "wichi de los vejoses". Havia um grande canavial que dava origem a uma produção de açúcar de excelente qualidade, além de limões, laranjas, trigo arroz e várias hortaliças.
No dia 22 de fevereiro de 1798, foi saqueada por nativos da etnia chané. Para evitar um novo ataque, foi construído um forte de adobe no lugar. Foi destruída na época das lutas pela independência. Em 1845, foi refundada até que uma epidemia de varíola dizimou sua população.
Essa redução enfrentou inundações, alterações de lugar e incêndios. Os franciscanos deixaram a redução em 1955.[2]