A segunda temporada de Private Practice estreou em 1 de outubro de 2008 e terminou em 30 de abril de 2009. A temporada consistiu em 22 episódios.
A primeira metade da segunda temporada tratou dos problemas financeiros da clínica. Naomi revela a Addison que eles estão em perigo de perder a clínica devido a dívidas não pagas, fazendo com que Addison diga a Sam. Isso, por sua vez, causa uma mudança na clínica, fazendo de Addison a nova chefe. A adição ao drama foi a competição de uma nova clínica, Pacific Wellcare. Essa, localizada no mesmo prédio de Oceanside Wellness, foi comandada por Charlotte causando tumulto para ela e Cooper.
Outro acontecimento nesta temporada é a dinâmica entre Sam e Naomi, que no final percebem que não podem mais ser amigos, assim como o profundo relacionamento romântico de Cooper e Charlotte. Addison estava romanticamente ligado a Kevin Nelson (interpretado por David Sutcliffe), um policial, mas depois percebeu que o relacionamento deles não estava indo a lugar nenhum. No final da temporada, Addison se apaixona pelo cirurgião cardiovascular Noah Barnes, que, como se vê, é casado e espera seu primeiro filho. As coisas ficam mais complicadas quando Addison percebe que a esposa de Noah é uma de suas pacientes. Archer Montgomery (Grant Show), o irmão playboy de Addison, também fez aparições esporádicas causando problemas para ela e Naomi. Archer foi tem tumor cerebral agressivo que mais tarde foi diagnosticado como parasitas. Addison procurou a ajuda profissional de seu ex-marido, Derek Shepherd (Patrick Dempsey). Depois que Derek salvou Archer com sucesso, Addison descobriu que ele estava de volta a seus velhos truques traindo Naomi.
Violet agitou alguns de seus próprios dramas quando começou a namorar Sheldon (Brian Benben), que trabalha para a Pacific Wellcare, e Pete. Durante a segunda metade da temporada, Violet fica grávida, embora ela não sabia quem era o pai de seu bebê. Além disso, Violet encontrou a si mesma e seu feto à mercê de um paciente psicótico empenhado em tomar o bebê de Violet por qualquer meio necessário nos momentos finais do final da temporada. Enquanto isso, Dell lutou com seus próprios problemas causados pelos hábitos de drogas de sua ex-namorada e pela luta pela custódia de sua filha Betsey. Alguns dos casos médicos que causaram agitação e tensão entre os médicos em Private Practice foram a questão do aborto, a mudança de sexo de um recém-nascido, a atividade sexual de uma criança de 12 anos, a mudança de embriões para duas futuras mães e um jovem casal que mais tarde descobriu que eram irmãos.
Bailey (Chandra Wilson) e Naomi tentam descobrir por que Sam tem um ataque súbito de asma, enquanto Addison ajuda Derek (Patrick Dempsey) a salvar a vida de sua paciente grávida. Na Oceanside Wellness, Cooper, Violet e Pete trabalham juntos para tratar uma mãe que sofre de depressão pós-parto.