A ponte de Nero era também chamada de Ponte Vaticana (Pons Vaticanus), pois ligava o Campo Vaticano (Ager Vaticanus) à margem esquerda do Tibre. Na Idade Média, esta ponte já estava em ruínas e passou a ser chamada de Ponte Quebrada (Pons Ruptus). Na Roma Antiga, havia ainda no local um porto fluvial destinado ao fluxo de materiais de construção para os templos e monumentos do Campo de Marte.
A região continuou bastante ativa durante a Idade Média e depois, o que praticamente eliminou os sinais da antiga Roma deste Roma. A população cresceu pois a população se mudou das colinas vizinhas, onde era difícil obter água depois que os aquedutos romanos pararam de funcionar, para Ponte, de onde se podia obtê-la diretamente no Tibre. Além disso, o rione estava perto da Ponte de Santo Ângelo, bem no caminho dos milhares de peregrinos que iam visitar o Vaticano.
No século XVI, este rione era muito importante por causa de suas ruas, como a Via Giulia e a Via dei Coronari, o que atraía a atenção das grandes famílias romanas, que passaram a construir residências no local com base em projetos de grandes artistas, o que só aumentou a fama do local.
Um evento comum na área eram as procissões lideradas por pessoas vestidas de preto, com o rosto coberto e levando um crucifixo nos ombros. Ele vinha na frente de uma carroça à qual estava acorrentado um condenado que beijava incessantemente uma imagem de Jesus. O destino da procissão era a praça em frente à Ponte de Santo Ângelo, onde ficava o patíbulo para enforcar o condenado.
Embora o rione Ponte fosse uma região rica, era também a região mais afetada pelas frequentes enchentes do Tibre.
A aparência do rione Ponte mudou completamente depois que Roma se tornou a capital da Itália unificada em 1870: as margens do rio foram alteradas para acabar com as enchentes e novas pontes foram construídas para ligar o Vaticano e o rione Prati ao resto de Roma. Todas as ruelas que levavam ao rio foram demolidas para abrir espaço para as obras à beira do rio, mas ainda é possível encontrar, no interior do rione, locais onde ainda é possível imaginar como a região se parecia antes das obras.