No que respeita a fauna e flora o Paul de Trejoito caracteriza-se por:
Flora
É constituído por vegetação dominada maioritariamente por caniço, com áreas de água livre com nenúfares, Ninféia e Nymphaea lotus. Os terrenos envolventes são compostos por montados de sobreiro (Quercus suber) e pinheiro (Pinus pinaster), destacando-se também grandes manchas de estevas (Cistus ladanifer).
Fauna
Aves
Estão inventariadas no Paul cerca de 150 espécies de aves, sendo que 27 destas estão consideradas ameaçadas.
Nidificam no Paul várias espécies, sendo que se destacam:
Estes indivíduos pernoitam em abrigos localizados na Reserva Natural do Estuário do Tejo e durante o dia vão alimentar-se para arrozais deste e doutros pauis. Destacam-se algumas ave de rapina, tais como: