Até 1830 Moéli era parte do sultanato Ndzuwenie que controlava igualmente a ilha vizinha de Anjuã. Nesse ano, imigrantes de Madagascar conduzidos por Ramanetaka, que depois mudou o nome para Abderemane, ocuparam a ilha e estabeleceram o sultanato de Muáli. Em 1886 a França tornou a ilha num protectorado. Até 1889, Mwali tinha o seu próprio governador residente, quando passou a ser subjugada pelo governador residente em Anjouan. O sultanato foi abolido em 1909, quando a França anexou a ilha.
Bandeira separatista
Em 1975, Moéli uniu-se com a Grande Comore e Anjuã e declararam unilateralmente a independência de França. Em 1997 a federação comoriana desmembrou-se mas, em 2002 foi votada uma nova constituição que restabeleceu a federação, mas com cada ilha mantendo um grande grau de autonomia.
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