Rodrigues Linda frequentou o Seminário Menor de Resende, o Seminário Maior de Lamego e o Instituto de Ciências Humanas e Teológicas do Porto onde terminou o curso superior de Teologia em 1980. Foi ordenado presbítero a 10 de junho de 1981 pelo bispo António Cardoso Cunha.[2]
Ao longo dos anos desempenhou várias funções como pároco, assistente diocesano da Acção Católica, Promotor de Justiça e Defensor do Vínculo no Tribunal Eclesiástico e responsável pela Pastoral Juvenil, na Diocese de Vila Real. Foi reitor do Seminário de Vila Real, vigário episcopal para a Cultura, coordenador diocesano da pastoral e membro dos conselhos presbiteral, pastoral e de consultores.[3]
Paralelamente à sua actividade eclesiástica, licenciou-se em Humanidades pela Faculdade de Filosofia de Braga da Universidade Católica Portuguesa (1987), em Teologia pela Faculdade de Teologia (Porto) da Universidade Católica Portuguesa (1988), obteve a licenciatura canónica em Teologia pela Pontifícia Universidade Lateranense em Roma (1991) e o doutoramento em Teologia pela Universidad Pontificia Comillas em Madrid (1998), com a tese "Andragogia política em D. António Ferreira Gomes".
Ao longo dos anos foi leccionando em diversas escolas e faculdades, orientando teses de licenciatura e mestrado. É membro fundador do Centro de Estudos do Pensamento Português (Núcleo do Porto da Faculdade de Teologia da Universidade Católica Portuguesa)
A 10 de outubro de 2013 foi nomeado para suceder a Januário Torgal Mendes Ferreira na Diocese das Forças Armadas e de Segurança. [4] Canonicamente, tomou posse no dia 24 de Janeiro de 2014, em Fátima, perante os sacerdotes que trabalham no Ordinariato Militar para Portugal. A 8 de Abril de 2014, foi nomeado Capelão-Mor por despacho conjunto dos Ministros da Defesa Nacional e da Administração Interna.
A nível da Conferência Episcopal Portuguesa, foi membro da Comissão Episcopal da Pastoral Social e da Mobilidade, para a área da Saúde (de 2000 a 2014) e, a 29 de Abril de 2014, foi eleito Presidente da Comissão Episcopal das Missões e Nova Evangelização e membro a Comissão Episcopal da Pastoral Social e da Mobilidade.
Para além de outras condecorações, a 23 de Fevereiro de 2018 foi agraciado com a Medalha Cruz de São Jorge, Primeira Classe, do Estado-Maior-General das Forças Armadas.
Polémicas
Em Dezembro de 2018, em entrevista ao jornal Público, sustentou que os abusos de menores por membros do clero católico foram “um fenómeno fundamentalmente anglo-saxónico” .[5]
Segundo o bispo, houve uma altura, nos anos 60 e 70, em que "um determinado género de psicologia falava de uma aproximação talvez demasiado íntima, afectiva, entre os mais velhos e os mais novos, até como forma de integração dos mais novos. É provável que alguns sacerdotes tenham sido vítimas dessa corrente de psicologia." De acordo com Manuel Linda, a "enormíssima maioria" dos que cometeram abusos já não eram sacerdotes. [5]
Quanto ao caso português, o bispo é de opinião, citando dois casos conhecidos — o do Padre Frederico, condenado por homicídio, e o do Padre Luís Mendes, condenado por agressão sexual a seis jovens — que "tudo leva a crer que não tenham tido aquela dimensão de gravidade de que estamos habituados a ouvir falar quando falamos de pedofilia. Talvez tenha havido alguma intimidade, mas não uma intimidade daquelas mais chocantes."[5]
Em 2019 pronunciou-se contra a criação de qualquer comissão para lidar com eventuais casos de abuso sexual de menores, em sentido oposto às orientações do Papa Francisco. E fundamentou: "ninguém cria, por exemplo, uma comissão para estudar os efeitos do impacto de um meteorito na cidade do Porto". E acrescentou: "É possível que caia aqui um meteorito? É. Justifica-se uma comissão dessas? Porventura não".[6]
Em 2 de Outubro de 2022, em declarações públicas, sustentou que o crime de abuso "ainda hoje" não é público, o que é falso. [7][8] D. Manuel Linda pediu desculpas pelas declarações em outubro de 2022.[9]
Em outubro de 2022, foi acusado de, enquanto professor de Educação Moral e Religiosa Católica em Vila Real, ter sido informado por uma aluna que esta mantinha um relacionamento com o padre Heitor Antunes, que, aos 34 anos, iniciou o relacionamento com a menor de 14 anos, acabando esta por engravidar aos 23 anos. D. Manuel Linda alegou não se recordar do sucedido e que teria reportado superiormente qualquer denúncia de que tivesse tido conhecimento.[10]
Em outubro de 2022, criticou a substituição dos laços entre pais e filhos pelo apego aos animais, classificando-o como "típico de sociedades decadentes". As declarações foram fortemente criticadas pela porta-voz do PAN, Inês Sousa Real, e pelos provedores dos animais dos municípios de Almada, Lisboa, Ovar e Santa Maria da Feira.[11][12]