Sua biografia mostra uma forte ligação com São Francisco de Assis: dom Luís Cappio nasceu no dia em que a Igreja Católica celebra este santo, tornou-se religioso da ordem Franciscana, e foi viver às margens do rio São Francisco. Em 1992, ao completar 48 anos, iniciou uma peregrinação de 6 mil quilômetros da nascente até a foz do Rio São Francisco. Esta peregrinação durou um ano. Este período foi vivido por Dom Luís Cappio como uma missão ecológica e religiosa, durante a qual o frei buscou conscientizar a população sobre a necessidade de preservação do Rio São Francisco. A experiência foi publicada no livro “O Rio São Francisco – Uma Caminhada entre Vida e Morte”, pela Editora Vozes. Tornou-se bispo da Diocese de Barra em 1997, escolhido por não haver outro que se dispusesse a viver na região.
Entre 26 de setembro e 5 de outubro de 2005, fez uma greve de fome em defesa do rio São Francisco na cidade de Cabrobó, estado de Pernambuco. Seu protesto era a favor da revitalização do rio e contra o projeto de transposição do Rio São Francisco planejado pelo governo do presidente Lula. Esta manifestação ganhou o apoio de diversas organizações e movimentos sociais. O jejum foi interrompido após negociação com o então ministro Jacques Wagner. Feito o acordo, frei Cappio comentou que se a promessa não fosse cumprida, retomaria o protesto.
Após 22 dias de jejum, entrou num grave estado de saúde, sendo internado na Unidade de Tratamento Intensivo (UTI) na cidade de Petrolina, no dia 19 de dezembro. Por vários motivos, entre eles o parecer médico, decidiu findar seu jejum em protesto à transposição das águas do Rio São Francisco. Não obstante, seu protesto não terminou. Celebrou seus 36 anos de sacerdócio em meio a este último jejum.
Em 2007, Dom Cappio foi entrevistado pelo Museu da Pessoa e sua história foi compartilhada sob o título "Democratização da Água".[3] A entrevista destaca sua profunda conexão com São Francisco de Assis e sua jornada ao longo do rio, que evoluiu para uma missão de cunho tanto ecológico quanto religioso. Além disso, aborda sua corajosa greve de fome em defesa do rio e contra o projeto de transposição, a qual recebeu amplo apoio da sociedade civil e de figuras proeminentes. O testemunho de Dom Cappio nos lembra da importância de preservar os recursos naturais e de lutar pelos direitos das comunidades mais vulneráveis, tornando sua história uma fonte de inspiração para todos aqueles que buscam justiça ambiental e social. Durante a entrevista, ele expressou a seguinte reflexão:
"Quando a razão se extingue, a loucura é o caminho."
Luis Flávio Cappio em entrevista ao Museu da Pessoa
Prêmios
No dia 10 de agosto de 2008 a Pax Christi Internacional, com sede em Bruxelas, anunciou a decisão de dar a dom Luís Flávio Cappio o prêmio da Paz 2008, por sua luta em defesa da vida na região do São Francisco[4]. O prêmio foi entregue no dia 18 de outubro mesmo ano, durante a V Romaria das Águas, em Sobradinho[5].
Em 9 de maio de 2009, Dom Cappio recebe o Prêmio Kant de Cidadão do Mundo, da Fundação Kant, na cidade de Freiburg. Este prêmio é concedido bianualmente a pessoas que se destacaram na defesa dos direitos humanos[6].