José Clemente de Baviera (em alemão: Joseph Clemens Kajetan von Bayern) (Munique, 5 de dezembro de 1671 – Bona, 12 de novembro de 1723) foi um membro da Casa de Wittelsbach, dinastia que governava a Baviera, e Arcebispo-Eleitor de Colónia de 1688 a 1723.
Como terceiro filho de Fernando Maria, Príncipe-Eleitor da Baviera e de sua mulher, Henriqueta Adelaide de Saboia, José Clemente foi destinado por seus pais à vida eclesiástica. Em 1688, tornou-se Arcebispo de Colónia, onde sucedeu após a morte de seu primo[1], Maximiliano Henrique de Baviera, por nomeação do Papa Inocêncio XI.
A sua nomeação como Arcebispo-Eleitor de Colónia, em detrimento do candidato francês, apresentado por Luís XIV, fez com que o rei francês retaliasse e ocupasse o território de Avinhão, sendo também uma das causas para a Guerra dos Nove Anos.
Mais tarde serviu também como Príncipe-Bispo de Liège, de Ratisbona, de Frisinga[2] e de Hildesheim.
Ele foi proposto como noivo de Isabel Carlota de Orleães, Mademoiselle de Chartres e filha única de Filipe I, Duque de Orleães (irmão de Luís XIV) e da sua segunda mulher Isabel Carlota do Palatinado. A irmã de José Clemente, Maria Ana Vitória, tinha já casado com o primo de Isabel Carlota (le Grand Dauphin[3]). Isabel Carlota recusou e mais tarde veio a casar com Leopoldo, Duque de Lorena.
Tal como seu irmão, Maximiliano II Emanuel, Eleitor da Baviera, José Clemente aliou-se à França durante a Guerra da Sucessão de Espanha e foi forçado a retirar-se da sua residência de Bona em 1702 e a procurar refúgio na corte francesa. José Clemente foi banido do Sacro Império e privado dos seus territórios em 1706.
A Guerra entre a França e o Império terminou, finalmente, em 1714 com o Tratado de Baden, que restaurou José Clemente em Colónia e o seu irmão na Baviera.
José Clemente morreu em Bona em 1723, sendo sepultado na Catedral de Colónia, sendo sucedido no Eleitorado de Colónia por seu sobrinho Clemente Augusto da Baviera.