Além disso, Possidónio da Silva foi fundador e presidente da Associação dos Arquitectos Civis Portugueses que passou a se chamar Real Associação dos Arquitectos Civis e Arqueólogos Portugueses, antes de se cindir, já depois da morte do Joaquim, e dar as atuais Ordem dos Arquitectos[2] e Associação dos Arqueólogos Portugueses (AAP).[3]
Em 1867, durante a Exposição Internacional de Paris, realizou-se a segunda sessão do Congresso Internacional de Antropologia e Arqueologia Pré-histórica, em que Possidónio da Silva obteve o primeiro contacto com as práticas da Arqueologia, em especial a escavação estratigráfica e sectorial. Em 1878, em seu livroNoções Elementares de Archeologia, Possidónio da Silva publicou uma síntese desses métodos.
O interesse de Possidónio da Silva pelos monumentos megalíticos, contudo, iniciou-se na década de 1850, quando ele escavou um dólmen localizado entre Sintra e Colares. Escavou mais dois dólmenes nas redondezas de Tomar. Foi no final desse período que adquiriu do Governo apoio para o primeiro levantamento dos monumentos nacionais. Possidónio da Silva procurou também, por meio de jornais, informar o público da necessidade de preservar o património arquitectónico português.