Em 1960, partiu para Portugal para cursar medicina, mas abandonou este país em 1961 devido a perseguição da polícia política portuguesa (PIDE). Juntou-se à FRELIMO em 1963, na sequência da sua associação com a causa nacionalista. Em 1974, com apenas 35 anos de idade, torna-se primeiro-ministro do Governo de Transição e, depois da proclamação da independência de Moçambique, é nomeado ministro dos Negócios Estrangeiros.
Com a morte do presidente Samora Machel, em 1986, foi nomeado em sua substituição. Em 1994, é feita a primeira eleição democrática para Presidente, observada pela ONU, depois do fim da guerra civil. Foi então democraticamente eleito presidente da República de Moçambique, cargo que manteria até 2005, depois de ter vencido as segundas eleições multipartidárias em 1999.
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