Em 1873, no Império Otomano, havia 74 igrejas, com 47 pastores, 56 pregadores, 4032 membros, e mais de 13 mil pessoas que frequentavam os cultos da denominação. Nesse período havia 128 escolas bíblicas, que contavam com 9 mil crianças e jovens. Com o crescimento das igrejas locais foi precisa a criação de uma união e outros órgãos de cooperação mutua.
Na de 1920, chegaram ao Brasil os primeiros refugiados armênios dos genocídio do Império Otomano. Em 1926, os evangélicos armênios comeram a se unir como congregação, preservando a fé, a identidade cultural, as tradições armênias, sua língua e a solidariedade com seus parentes e amigos reconhecidos como mártires. Em 1926, sob a liderança do Rev. Michael Bitchmayan, Prof. Peniamim Gaidzakian e Apraham Partamian, foi organizada a Igreja Central Evangélica Armênia de São Paulo, a que foi reconhecida oficialmente em 1927.[3][5][6]
A sede da igreja é hoje um símbolo da presença dos armênios na cidade de São Paulo e destaque na data de 24 de Abril, dia em que o armênios lembram do Genocídio armênio de 1915.[8][9]
Em 2015 a igreja comemorou 88 anos de organização,[10] sendo uma das 19 organizações armênias de São Paulo.[11]
A igreja localiza-se na Avenida do Estado, em Bom Retiro, na cidade de São Paulo.[12][13][14]