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Em 2013, o Goianésia Esporte Clube foi a grande surpresa do Campeonato Goiano 2013. Com jogadores experientes, como Romerito e Nonato, o Azulão do Vale figurou entre as principais equipes desde as primeiras rodadas, terminando o campeonato na terceira colocação, classificando assim pela primeira vez na historia para o Campeonato Brasileiro da Série D de 2013 e para Copa do Brasil de 2014.[7][8]
Em 2014, a equipe ficou na quarta colocação do Campeonato Goiano de 2014, com a colocação o Azulão do Vale classificou para o Campeonato Brasileiro da Série D pelo segundo ano consecutivo.[carece de fontes?]
Em 2015, Goianésia encerrou sua participação no Campeonato Goiano de 2015 em terceiro lugar ficando entre os quatro melhores classificados pelo terceiro ano consecutivo, classificando para a Copa do Brasil de 2016 e Campeonato Brasileiro da Série D de 2015 e 2016. Na vitória por 2 a 1 sobre o Atlético, o gol marcado por Wendell Lira ganhou o Prêmio Puskás, concedido pela FIFA ao gol mais bonito do ano, com 1,6 milhões de votos (46,7%).[11][12]
Em 2016, não repetiu as campanhas anteriores no Campeonato Goiano e não passou da primeira fase. Também não passou da primeira fase na Copa do Brasil, sendo eliminado pelo ABC após empate em casa por 1 a 1[13] e derrota em Natal por 3 a 2.[14][15] No Campeonato Brasileiro da Série D não fez uma boa campanha e novamente não conseguiu passar da primeira fase.
Em 2017, acaba sendo rebaixado para a Divisão de Acesso, após 7 anos disputando a primeira divisão do Campeonato Goiano.[16][17]
Em 2018, disputou a Divisão de Acesso do Campeonato Goiano, terminou em 4º colocado e garantiu seu retorno à elite do Futebol Goiano.[18]
Em 2019, fez uma campanha boa no Estadual, e garantiu sua classificação até às quartas de final da competição.[19]
Em 2020, fez a melhor campanha de sua história no estadual, eliminando um por um,[20] até ser derrotado nos pênaltis e perder o título.[21][22]
↑[1] Via Twitetr FIFA Media FIFA Puskas Award: 1.6 million fans voted! Wendell Lira 46.7%, Lionel Messi 33.3%, Alessandro Florenzi 7.1% of all votes. #BallondOr, acessado em 6 de novembro de 2015
