Foi fundada no dia 26 de junho de 1945, um ano após a primeira edição do Campeonato Amapaense, vencida pelo Esporte Clube Macapá.[2][3] No dia 15 de janeiro de 1950, ocorreu a inauguração do Glicério Marques, estádio onde iriam ser disputados as partidas do estadual, com um jogo entre a Seleção Amapaense e Paraense, terminando no placar mínimo (1x0) aos paraenses.[4] A federação se tornou profissional no ano de 1991, com o estadual passando a garantir vaga nos campeonatos nacionais.[5] Desde então, só não foi disputado em 1996, por problemas financeiros.[6]
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