Sua mãe, Anne Harms Wells, era uma bancária que trabalhou como vice-presidente do Chemical Banking. Seu pai, James Shue, é um advogado e colaborador de bens imobiliários. Também foi presidente da International Food and Beverage Corporation. Ativo dentro do partido republicano tentou, sem sucesso, concorrer ao Senado Americano, em Nova Jersey.[1][2][3] Seu irmão mais novo, Andrew Shue, também é ator.
Shue cresceu no Condado de Bergen e no Condado de Essex, ambos condados de Nova Jersey. Seus pais se divorciaram ainda enquanto ela cursava a quarta série.[4] Shue se graduou na Escola de Columbia, Condado de Maplewood, Nova Jersey, e cursou o Colégio de Wellesley e a Universidade de Harvard, da qual se retirou para seguir sua carreira de atriz. Ela retornou para Harvard em 2000 para terminar a graduação em Government.[5] Shue entrou para a Parada da Fama da Escola de Columbia em 1994, junto com seu irmão, o ator Andrew Shue.[6]