No início da década de 1460, os senhores de Castela estavam totalmente insatisfeitos com Henrique IV, por razão da sua defesa dos direitos de sua filha, acreditavam que Joana, Princesa das Astúrias, alcunhada de "Beltraneja" não era sua filha legítima, mas sim do seu valido, Beltrán de La Cueva.
As Cortes castelhanas de 1464 forçaram o rei Henrique a repudiar a paternidade de Joana e em reconhecer como seu legítimo sucessor Afonso, que recebe, assim, o título de Príncipe das Astúrias. Em seguida, Afonso esteve presente em várias rebeliões contra o rei seu irmão.
No entanto, ainda bastante jovem, Afonso morreu de uma doença, provavelmente uma praga, apesar da hipótese de envenenamento e corte da garganta tivessem sido sugeridas como causas da sua morte. A sua irmã Isabel irá estabelecer com o seu meio-irmão, o rei Henrique um acordo em que o rei forçadamente a reconhecerá provisoriamente como sua legítima sucessora, desde que case a contento do soberano, o que ela não cumprirá, rompendo-se o acordo.