Podczas I wojny światowej część ludności Białowieży ewakuowano w głąb Rosji. Niektórzy z nich zetknęli się z doktryną baptystyczną[1]. W roku 1924 pierwsze nabożeństwa zaczęły się odbywać w domu Nikifora Stankiewicza. Podobne nabożeństwa odbywały się w domu Mikołaja Romaniuka. Zbór został utworzony 20 czerwca 1926 roku. Każdego roku odbywały się chrzty wiary. Na skutek pracy misyjnej powstawały placówki zboru w takich okolicznych miejscowościach jak: Podolany, Krzyże, Rowbick, Hojnik, Czadziel. Utworzono też zbory w Hajnówce i Narewce[2]. Duchową opiekę nad zborem sprawował Łukasz Dziekuć-Malej[3].
W roku 1927 na działce udostępnionej przez Jana Stankiewicza zbudowano dom modlitwy. Konstrukcja domu jest prosta i skromna[4][5]. Początkowo zbór był określany jako Bielsko-Białowieżski. W związku ze wzrostem liczby wiernych w 1936 roku utworzono odrębne zbory w Narewce, Bielsku Podlaskim, Hajnówce i Czwirkach[5].
Żywiołowy rozwój zboru następował do roku 1932, po którym dalszy rozwój został zahamowany[3]. W roku 1933, na skutek wielkiego kryzysu, część wyznawców w poszukiwaniu lepszych warunków bytowych wyjechała do Paragwaju, Urugwaju, Brazylii i Argentyny[3], tworząc tam zalążki baptystycznych zborów[5]. Wyjazdy te dokonywały się również i w następnych latach[6]. W roku 1936 zbór liczył 42 członków ochrzczonych w wieku świadomym, na szkółkę niedzielną uczęszczało 34 dzieci, razem z członkami rodzin zbór liczył 115 osób. Na nabożeństwa przychodziło wielu sympatyków[7]. Biorąc pod uwagę wyjazdy do roku 1939 przez zbór przewinęło się około 200 osób[4].
Podczas okupacji sowieckiej zabroniono odprawiania nabożeństw a dom modlitwy zamieniono w koszary wojskowe. Nabożeństwa odbywały się w domach prywatnych[8][9]. Podczas okupacji niemieckiej odzyskano kaplicę. Niemiecki okupant zezwalał na organizację chrztów[9].
Po II wojnie światowej w wyniku przesunięcia granic część wiernych znalazła się za wschodnią granicą. Na skutek polityki komunistycznej władzy część wiernych postanowiła opuścić Białowieżę i zamieszkać poza strefą graniczną[9]. Niektórzy z nich zostawali przełożonymi zboru (np. w Elblągu), bądź starszymi zboru (Białystok, Malbork)[8]. W rezultacie zbór się skurczył do zaledwie 23 członków. Od roku 1955 polityka władz była bardziej przychylna[9]. W roku 1977 z okazji 50-lecia zboru Michał Stankiewicz ocenił, że rozpoczęte w 1933 roku wyjazdy członków „nękają zbór do dziś”, a wychowankowie zboru są rozsiani po całym świecie[6].
W latach 90. zbór umocnił kontakty ze zborami na Białorusi oraz Ukrainie[9].
