Dowództwo XXI górskiego batalionu saperów zostało sformowane w Białej, na pograniczu czeskim, przez Dowództwo Okręgu Generalnego Kraków z przeznaczeniem dla tworzonej Dywizji Górskiej[1].
Zorganizowanie batalionu odbyło się w czasie od 3 marca do 18 kwietnia 1920 w składzie dwóch kompanii V batalionu saperów: 1/V bsap pod dowództwem porucznika Jana Matkowskiego i 4/V bsap pod dowództwem kapitana Adama Skóry z byłych Legionów Polskich. l/V bsap została przemianowana na 1/XXI bsap, zaś 4/V bsap na 2/XXI bsap. 30 marca 1920 na stanowisko dowódcy batalionu został wyznaczony kapitan Józef Szkolnikowski z byłej armii austro-węgierskiej[2]. Zaraz po zorganizowaniu się dowództwa batalionu zostało ono wysłane w pole, do grupy pułkownika Józefa Rybaka i wzięło udział w wyprawie kijowskiej[3].
W kwietniu 1920 w Batalionie Zapasowym Saperów Nr V w Krakowie została sformowana 3 kompania pod dowództwem porucznika Oswalda Ungera. 3/XXI bsap weszła w skład batalionu dopiero 3 maja 1920.
10 września 1925 popełnił samobójstwo dowódca 3 kompanii, por. Zenon Janowczyk, odznaczony dwukrotnie Krzyżem Walecznych i Srebrnym Krzyżem Zasługi[4].
Ważniejsze roboty techniczne wykonane w 1920
1/XXI kompania saperów
Maj 1920 — Fortyfikacja prawej strony przedmościa Kijowskiego w Darnicy (trzy linie umocnień).
Kwiecień — Naprawa toru pod Horodyszczami.
Czerwiec — Roboty fortyfikacyjne i minierskie, budowa i naprawa mostów oraz dróg w czasie odwrotu kolumny pułkownika Aleksandrowicza.
Czerwiec — Zniszczenie mostu drogowego na Dnieprze pod Kijowem.
2/XXI kompania saperów
Czerwiec — Budowa mostów w Głębokiem.
Sierpień - Udział fortyfikacji przedmościa warszawskiego w grupie pułkownika Małachowskiego.
3/XXI kompania saperów
Maj — Budowa mostu koło wsi Rychnia - Szybież. Budowa mostu pod wsią Nowa Grobla. Budowa trzech mostów drogowych przez rzekę Trzpień. Fortyfikacja lewej strony przedmościa kijowskiego, we wsi Wigórowszczyzna. Zniszczenie mostu łańcuchowego pod Kijowem.
13 czerwca — Zniszczenie toru i stacji kolejowej pod Kijowem. Budowla mostu na rzece Zwietrz pod Borodzianką.
24 czerwca — Budowla i fortyfikacja przedmościa Słonim.
7 lipca — Zniszczenie dwóch mostów na rzece Uborć.
17 lipca — Budowa drogi drewnianej pod Pińskiem długości 3860 metrów.
20 lipca — roboty ziemne na przedmościu Pińsk. Spalenie mostu drogowego na Jasiołdzie pod Pińskiem.
24 lipca — ufortyfikowanie toru kolejowego pod Brodnicą.
29 lipca — spalenie mostu na Muchawcu pod Brześciem nad Bugiem.
1 sierpnia — spalenie mostu na Bugu pod Brześciem nad Bugiem.
5 sierpnia — spalenie mostu północnego w Brześciu.
6 sierpnia — spalenie mostu południowego i dwóch mostów drewnianych pod Brześciem.
