W 1923 roku seminarium zakupiło nieruchomość przy ówczesnym placu Sienkiewicza (obecnie Plac Papieża Jana Pawła II) i tam przeniosła swoją działalność, uprzednio prowadzoną w wynajmowanym gmachu u zbiegu ulic Dwornej i Giełczyńskiej.
Po utworzeniu diecezji łomżyńskiej w 1925 roku seminarium stało się łomżyńskim diecezjalnym Seminarium Duchownym.
5 czerwca 1991 podczas czwartej pielgrzymki do Polski papież Jan Paweł II spotkał się z profesorami i alumnami łomżyńskiego seminarium. Na pamiątkę tamtego zdarzenia ufundowano pomnik Jan Pawła II według projektu prof. Gustawa Zemły.
Nadanie uczelni imienia Papieża Jana Pawła II miało miejsce 13 października 2005 roku na mocy decyzji biskupa Stanisława Stefanka.
↑Statystyka (zeszyt 4). W: Sławomir Wilewski: Posłani w pokoju Chrystusa. Tydzień modlitw o powołania do kapłaństwa i życia konsekrowanego (8–12 maja 2022). Radom: Krajowe Centrum Powołaniowe • Wydawnictwo Diecezji Radomskiej AVE, 2022, s. 4. ISBN 978-83-67205-01-6.