Jest najstarszą jednostką organizacyjną ChAT, istnieje od 1954[2]. Jest kontynuatorem powstałego w 1920 Wydziału Teologii Ewangelickiej Uniwersytetu Warszawskiego oraz utworzonego w okresie międzywojennym Studium Teologii Prawosławnej UW. Początkowo posiadał dwie sekcje teologiczne: Sekcję Ewangelicką i Sekcję Starokatolicką. W 1957 powołano do życia Sekcję Prawosławną[2]. Odtąd Wydział posiada:
Sekcję Teologii Ewangelickiej
Sekcję Teologii Prawosławnej
Sekcję Teologii Starokatolickiej
W 2012 został z niego wyodrębniony Wydział Pedagogiczny, który stał się drugą podstawową jednostką organizacyjną uczelni[3] (w 2019 przemianowany na Wydział Nauk Społecznych)[4].
16 listopada 2016 z okazji 200-lecia obecności teologii jako dyscypliny akademickiej na forum uniwersyteckim w Warszawie (w związku z obchodami 200-lecia Uniwersytetu Warszawskiego) odbyło się wspólne posiedzenie Rady Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie i Rady Wydziału Teologicznego ChAT. Podczas tego posiedzenia podjęto wspólną uchwałę zawierającą deklarację na temat związków obu Wydziałów i woli współpracy w przyszłości. Posiedzeniu towarzyszyła zorganizowana przez Wydziały Teologiczne UKSW i ChAT 2-dniowa konferencja naukowa pt. 200 lat teologii uniwersyteckiej w Warszawie[5].
Studia
W Wydziale prowadzone są obecnie następujące studia[6]:
Studia I stopnia (licencjackie) na kierunku teologia w specjalnościach: Teologia ewangelicka, Teologia prawosławna, Teologia starokatolicka
Studia II stopnia (magisterskie) na kierunku teologia w specjalnościach: Teologia ewangelicka, Teologia prawosławna, Teologia starokatolicka
Studia III stopnia (doktoranckie): studia doktoranckie w zakresie nauk teologicznych – teologii ewangelickiej, prawosławnej i starokatolickiej
Studia podyplomowe: Integracja społeczna i prawa człowieka w kontekście wieloreligijności (3-semestralne)
2019: Mirosław Białous: Antropologiczny wymiar eklezjalnej misyjności na przykładzie doświadczeń kerygmatycznych Prawosławnej Cerkwi Rosyjskiej w periodzie XVII-XIX wieku[14]
2011: Alfred Tschirschnitz, Kult Baala i Aszery w tekstach Starego Testamentu. Studium historyczno-teologiczne
2011: Jakub Slawik, Hiob przed Bogiem. Studium egzegetyczne prologu i epilogu Księgi Hioba mów Hioba
2010: Marek Jerzy Uglorz, Jezus Chrystus wczoraj i dziś. Ten sam i na wieki. Chrystologiczne wyznanie Listu do Hebrajczyków
2008: Rafał Marcin Leszczyński, Starożytna koncepcja Logosu i jej wpływ na myśl wczesnego chrześcijaństwa
2008: Jerzy Mariusz Pańkowski, W poszukiwaniu zbawienia – bogactwo i piękno życia duchowego w ascetyczno-teologicznej myśli św. Iganacego Branczaninowa
2008: Kalina Wojciechowska, Opowiadam wam jak Piotr. Elementy stylu i stylizacji w Ewangelii Marka
2008: Marcin Hintz, Etyka ewangelicka i jej wymiar eklezjalny. Studium historyczno-systematyczne
2008: Włodzimierz Wołosiuk, Wschodniosłowiańscy kompozytorzy muzyki cerkiewnej od XVII do pierwszej połowy XX wieku i obecność ich utworów w nabożeństwach PAKP
2004: Mirosław Patalon, Teologia a pedagogika. Teologia mediacji H. Richarda Niebuhra jako źródło inspiracji pedagogicznych
2003: Tadeusz Jacek Zieliński, Iustificatio impii. Usprawiedliwienie „sola fide” jako główny artykuł wiary protestancko-konserwatywnego nurtu Kościoła Anglii
1999: Bogusław Milerski, Religia a szkoła. Status edukacji religijnej w szkole w ujęciu ewangelickim
1998: Władysław Pabiasz, Małżeństwo i etyka seksualna w teologicznej refleksji Marcina Lutra
1997: Christoph Führer, Aspekte eines Christentums der Zukunft Zur Theologie und Spiritualiät Friedrich Rittelmeyers
Wydział publikuje założone w 1936 i wznowione w 1959 czasopismo naukowe „Rocznik Teologiczny”. Jest ono wpisane na listę czasopism punktowanych przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Zgodnie z autoprezentacją przygotowaną przez jego redakcję „Rocznik Teologiczny” jest recenzowanym, teologicznym i ekumenicznym czasopismem naukowym skupiającym polskie oraz zagraniczne głosy, na łamach którego prezentowane są artykuły i rozprawy, wyniki badań naukowych, wspomnienia i relacje, bibliografie tematyczne i recenzje z teologii i dyscyplin pokrewnych (historia, pedagogika religijna, filozofia, filologia, prawo wyznaniowe, itd.). W „Roczniku Teologicznym” znajduje się także dział Kronika, w którym publikowane są relacje z wydarzeń związanych z działalnością Wydziału Teologicznego ChAT, takich jak inauguracje, uroczystości wręczenia doktoratów Honoris Causa, sprawozdania z konferencji, itp.”[22]