Już w chwili wybuchu wojny Halsey uważany był za najlepszego i najbardziej agresywnego amerykańskiego dowódcę lotniskowców, co w znaczący sposób wpłynęło na przebieg kolejnych kampanii wojennych i zjednało mu dużą popularność wśród amerykańskich żołnierzy oraz uznanie w najwyższym dowództwie Floty Pacyfiku. Mimo kilku popełnionych błędów, zwłaszcza w 1944 roku, Halsey był jednym z najbardziej znanych i cieszących się największym powszechnym szacunkiem amerykańskich dowódców na obszarze Pacyfiku.
W latach 1922–1925 pracował jako attaché ambasady USA w Berlinie. Na początku lat 30. dowodził dwoma dywizjonami niszczycieli, a następnie – po uzupełnieniu wykształcenia i odbyciu kursu pilotażu – objął dowodzenie lotniskowcaUSS „Saratoga” oraz bazy lotnictwa morskiego w miejscowości Pensacola na Florydzie. W roku 1938 awansowany do stopnia kontradmirała, a po dwóch latach wiceadmirała.
Krótko po powrocie z rajdu Doolittle′a zachorował na półpasiec, i tuż przed bitwą pod Midway bezpośrednim rozkazem admirała Chestera Nimitza został wysłany na leczenie szpitalne. Mimo więc że powszechnie uważany był za najlepszego w amerykańskiej marynarce dowódcę grup lotniskowców, nie mógł osobiście dowodzić amerykańskimi siłami w tej bitwie. Zarekomendował w zamian dowódcy Floty Pacyfiku dowódcę zespołu krążowników eskorty swojego okrętu flagowego, kontradmirała Raymonda Spruance’a, który poprowadził lotniskowce amerykańskie do decydującego zwycięstwa.
W połowie października 1942, w krytycznym okresie walk o Guadalcanal, Halsey objął dowodzenie w obszarze Południowego Pacyfiku, zastępując zdymisjonowanego przez Nimitza adm. Roberta Ghormleya. Halsey był wówczas tak popularnym dowódcą wśród żołnierzy amerykańskiej marynarki i korpusu piechoty morskiej, że decyzja o objęciu przez Halseya dowództwa spotkała się z wybuchem radości wśród żołnierzy broniącej się od dwóch miesięcy na Guadalcanalu 1. dywizji marines. Natychmiast po objęciu dowództwa, Halsey siłą wymusił na wiernym rządowi Vichy francuskiemu gubernatorowi Nowej Kaledonii udostępnienie budynku gubernatora dla potrzeb swojego sztabu (w porozumieniu – za pośrednictwem Waszyngtonu – z gen. Charlesem de Gaullem) oraz zlikwidował zator zaopatrzeniowy w porcie w Numeii z zaopatrzeniem dla żołnierzy na Guadalcanalu. Kilka dni później wysłał jedyne w tym czasie dwa lotniskowce Floty Pacyfiku – „Hornet” i „Enterprise” – przeciwko czterem lotniskowcom japońskim adm. Chūichi Nagumo, co doprowadziło do kolejnej już w tym roku wielkiej bitwy lotniskowców pod Santa Cruz. Niecały zaś miesiąc później, celem zablokowania dostaw dla walczącej z marines na Guadalcanalu japońskiej 17. Armii, wysłał zespół krążowników ciężkich, do walki z japońskimi krążownikami i pancernikami „Kirishima” i „Hiei”, dwa dni później zaś, niemal pozbawione eskorty amerykańskie pancerniki USS „South Dakota” (BB-57) i USS „Washington” (BB-56), do walki z „Kirishimą” i zespołem japońskich krążowników ciężkich.
Zmieniając styl dowodzenia doprowadził znajdującą się na granicy załamania amerykańską kampanię na Wyspach Salomona do amerykańskiego zwycięstwa. Tylko w ciągu miesiąca od objęcia dowództwa na południowym Pacyfiku przez Halseya, w walkach morskich wokół Guadalcanalu zatopione zostały amerykański lotniskowiec „Hornet”, japońskie pancerniki „Kirishima” i „Hiei” oraz szereg amerykańskich i japońskich krążowników i niszczycieli, jednak adm. Yamamoto nie był w stanie odpowiednio zaopatrzyć 17. Armii, co doprowadziło ostatecznie do japońskiej klęski na Guadalcanalu.
Po wycofaniu się wojsk japońskich z Guadalcanalu, siły Halseya spędziły cały rok 1943 w rejonie wysp Salomona zajmując kolejne wyspy i odcinając od zaplecza wielką bazę japońską w Rabaulu. W trakcie tej kampanii Halsey wykazał się elastycznością, zdolnościami organizacyjnymi, a przede wszystkim zdecydowaniem, agresją i umiejętnością podejmowania trudnych decyzji, których zabrakło walczącemu przeciw siłom Halseya japońskiemu admirałowi Isoroku Yamamoto.
Admirał William Halsey opuścił obszar południowego Pacyfiku w maju 1944, wraz z przesunięciem się działań wojennych w kierunku Filipin i Japonii. Od września tego roku do stycznia 1945 dowodził 3. Flotą podczas kampanii w archipelagu Palau i na Filipinach.
Błędy
W czasie bitwy o Leyte popełnił poważny błąd rzucając główne siły 3. Floty (34. Grupa Uderzeniowa) w pościg za japońskimi lotniskowcami i pozostawiając jedynie słabe siły przesłonowe wystawione na silny atak japońskich sił nawodnych. Ta decyzja wywołała słynną depeszę admirała Nimitza: „Indyk biegnie do wody. RR Od dowódcy Floty Pacyfiku do Dowódcy 3 Floty do wiadomości Dowódcy Floty USA, Dowódcy 77. Grupy Uderzeniowej. Gdzie jest, powtarzam, gdzie jest 34. Grupa Uderzeniowa? RR Świat się dziwi” (ang. Turkey trots to water RR From CINCPAC action COM THIRD FLEET info COMINCH CTF SEVENTY SEVEN X Where is rpt where is Task Force Thirty Four RR The world wonders).
Wszystko polegało na nieporozumieniu – pierwsze i ostatnie zdania depeszy były nic nie znaczącymi dodatkami mającymi utrudnić odczytanie tekstu deszyfrantom nieprzyjaciela a podwójne litery „R” miały wskazywać właściwy tekst depeszy przekazywany adresatowi. Jednak przyjmujący depeszę w sztabie Halseya uznał, że ostatnie zdanie może być wyrazem zaniepokojenia i krytyki ze strony Nimitza, więc po konsultacji ze swoim przełożonym zalecił przekazać depeszę dalej, prosząc, aby adiutant admirała uprzedził go, że ostatnie zdanie może nie być związane z treścią depeszy. Adiutant w pośpiechu nie powiedział tego, co ostatecznie doprowadziło do wybuchu wściekłości u Halseya. Tekst w tym kształcie przedostał się do prasy, która zauważyła, że data nadania depeszy zbiegła się z 90. rocznicą osławionej szarży Lekkiej Brygady pod Bałakławą uwiecznionej wierszem angielskiego poety Alfreda Tennysona, w którym użyto sformułowania „świat się zdziwił”. W rzeczywistości depesza Nimitza była zwykłym pytaniem dowódcy zaniepokojonego brakiem sił potrzebnych na kluczowym teatrze działań. Jak później ustalono admirał Nimitz zadał pytanie: „Gdzie jest 34. Grupa Uderzeniowa?”, a oficerowie w sztabie dodali „powtarzam” słysząc zdenerwowany głos dowódcy Floty Pacyfiku. Natomiast za taką, a nie inną treść końcowego wypełnienia odpowiadał oficer w centrali łączności (oficer rezerwy marynarki, w cywilu wykładowca literatury angielskiej i miłośnik poezji Tennysona), który uznał, że to zdanie najlepiej pasuje do treści depeszy (czym zresztą naruszył podstawowe zasady tworzenia wypełnień – musiały to być zdania w języku angielskim poprawne gramatycznie, a ich treść nie mogła w żaden sposób wiązać się z treścią depeszy). Oficer ten w późniejszym okresie został przeniesiony na inne stanowisko. Bitwa została ostatecznie wygrana, ale nie przyniosło to Halseyowi sławy.
Drugim błędem Halseya było wystawienie floty na uderzenie bardzo silnego tajfunu (odtąd znanego jako „tajfun Halseya”), co spowodowało zatonięcie trzech niszczycieli i poważne uszkodzenie wielu innych jednostek. Na dno poszło około 800 ludzi oraz 146 samolotów. Miesiąc później inny – nieco słabszy – tajfun uderzył ponownie we flotę. Obu sztormów można było uniknąć.
Ostatnie lata
W styczniu 1945 został formalnie zastąpiony na stanowisku dowódcy floty (teraz pod nazwą 5. Floty) przez adm. Spruance’a, ale pozostał, jako nadal pełniący tę funkcję, aż do zakończenia wojny. 2 września 1945 był obecny przy podpisywaniu aktu kapitulacji Japonii na pokładzie pancernika USS „Missouri”.
Pomimo niepochlebnej opinii w związku z bitwą o Leyte i sprawą dwóch tajfunów, Halsey został – w grudniu 1945 – awansowany do stopnia Admirała Floty, głównie na podstawie poparcia udzielanego mu przez wpływowego, dbającego o sprawy marynarki kongresmena, Carla Vinsona. Po śmierci pochowany został na Narodowym Cmentarzu w Arlington.